Его сразу же отправили на подготовку к офицерскому чину в Итон Холл, Честер, откуда он был выпущен вторым лейтенантом. (Иногда ошибочно утверждают, что он окончил Хайз и Уорминстер). Оджукву вернулся домой и получил первое назначение в Пятый Батальон, расквартированный в Кано, Северная Нигерия. Через два года его произвели в капитаны и назначили в Штаб армии, расположенный в казармах Икеджи в Лагосе. Это было в 1960 году, в год независимости.
Для богатого холостяка-офицера армии — любимого детища Нигерии — жизнь была весьма приятной. В 1961 году Оджукву послали в школу пограничных войск Западной Африки в Теши, в соседней Гане, преподавателем тактики и военного права. Первым учеником в классе тактики был лейтенант Муртала Мохаммед.
Потом, в этом же году, капитан Оджукву вернулся в V Батальон в Кано, но вскоре получил звание майора и был направлен в Штаб I Бригады в Каруне. В этом же году он служил в Лулуабурге, провинция Касаи, Конго, с III Бригадой сил ООН по поддержанию мира (во время событий в Катанге). Именно тогда его кандидатуру наметили для дальнейшего военного обучения, и в 1962 году он поступил в Объединенное Штабное училище в Англии. В январе 1963 года ему присвоили звание подполковника, и в этом качестве он стал первым туземным Главным Интендантом нигерийской армии.
Именно на этой должности он приобрел решимость и опыт, которые впоследствии позволили ему уличить во лжи Британское правительство, заявившее, что перевозимое морским путем из Лондона в Лагос оружие, является только частью «обычных поставок».
На посту Главного Интенданта он следовал правилу «покупать лучшее из того, что можно купить за предложенную цену, независимо от того, кто продает». В результате этого, большинство старых контрактов о поставке оружия британскими фирмами было аннулировано, а новые контракты были заключены с продававшими по более выгодным ценам поставщиками из Голландии, Бельгии, Италии, Западной Германии и Израиля. Ко времени начала нынешней войны, Нигерийская армия зависела от Британии только в поставках парадной униформы и бронемашин.
Год спустя Оджукву вернулся в V Батальон, но на этот раз как его командир. Как раз в то время, когда он пребывал в Кано, в 1965 году молодой майор Нзеогву замышлял в Кадуне то, что стало январским переворотом 1966 года. Никто и никогда не высказывал предположений о том, что полковник Оджукву принимал участие или знал о перевороте. Заговорщики совершенно оставили его в покое. Во-первых, все считали, что он слишком уж был связан с истеблишментом, а во-вторых, что было гораздо важнее, общеизвестен был его склад ума, ума юриста, который сделал бы для него отвратительной саму мысль о бунте против законной власти.
