В этой запутанной политической ситуации большевики были временно низложены украинскими националистами из полка Дорошенко. Это украинское движение были известно под названием "гайдамакское". Их комиссары затем демобилизовали всех "русских" из армии и отправили их по домам. Гайдамаки приняли активное участие в расхищении оборудования ЭВК, имущества и запасов, превзойдя в этом деле своих предшественников. Например, они похитили сухие пиломатериалы из ценных пород дерева, предназначенные для самолетов ЭВК, для того, чтобы топить им печки, хотя в окрестностях был в изобилии лес и каменный уголь. Вожди гайдамаков - то есть, их офицеры, - не препятствовали своим солдатам воровать и когда тех спрашивали, почему они жгут этот ценный материал, солдаты отвечали: "Так ведь горит лучше!".
Офицеры, остававшиеся в эскадрилье, сделали попытку спасти оставшиеся запасы. Они попытались отправить их в Бердянск, где украинский авиационный штаб разрешил их объезд. Местный украинский комиссар попытался задержать их отправку, не предоставляя поездов. Эта ситуация тянулась до 30 января 1918 года, когда после короткого столкновения с войсками Второго гвардейского корпуса, которым командовали большевики во главе с мадам Буш, гайдамаки покинули Винницу. Во время боя расположение ЭВК попало под огонь артиллерийской батареи наступавшего Второго гвардейского корпуса.
Второй гвардейский корпус сохранял некоторые следы своего бывшего гвардейского статуса. Среди них можно было узнать бывших гвардейских стрелков и некоторых литовцев. Они маршировали браво и даже развернули свои старые знамена, хотя имперская монограмма на них была закрыта красными лоскутами. Войдя в Винницу, эти части наложили наказание на своих бывших врагов в форме массовых насильственных реквизиций. Лошадей, например, реквизировали по обвинению в том, что они принадлежат хозяину поместья.
28 февраля 1918 г. в связи с приближением немцев эти бывшие гвардейские войска решили оставить Винницу. Под огнем они отступили за Днепр.
Тем временем, бронепоезд с морской пехотой и гвардейцами прибыл в Винницу из Жмеринки и весь вечер и всю ночь продолжал стрельбу по мирной Виннице. 1 марта 1918 г. в Винницу вступили 30 солдат германского 133 Саксонского полка под командованием унтер-офицера и заняли ее без кровопролития.
К тому времени ЭВК оказалась в смятении. Помимо железнодорожных вагонов, загруженных имуществом эскадры и многими ценностями, здесь находилось только кладбище Муромцев. Во время прибытия немцев некоторые оставшиеся на аэродроме Муромцы были сожжены, хотя в действительности они находились в очень плохом состоянии. Захваченные неповрежденными воздушные корабли строго охранялись немцами. На бывший аэродром ЭВК вскоре прибыли немецкие аэропланы с черными крестами. Русским пилотам трудно было это принять, потому что ранее они встречались с этими же самолетами в воздушных боях.
