Разрыв между архиепископом и Гусом был уже полный, когда наступили события, еще более затруднившие положение Гуса. Великий раскол в римско-католической церкви, приведший к образованию двух церквей, с двумя папами, из которых один оставался в Риме, а другой сидел в Авиньоне, – этот раскол грозил превратиться в бесконечный источник ссор и интриг. В течение 10 лет вопрос не подвинулся ни на шаг. Римский папа Григорий XII при самом своем избрании обязался отречься, если авиньонский папа Бенедикт последует его примеру. Но последний и не думал об отречении, а потому и Григорий предпочел ждать. Бесконечные ссоры между папами надоели кардиналам, те решились отделаться от обоих и созвали в Пизе собор. Для успеха дела кардиналы просили всех католических монархов, и в особенности Римского императора, поддержать их, то есть либо отказать в повиновении обоим папам, либо, по крайней мере, соблюсти впредь до решения собора полный нейтралитет.
Вацлав IV, помимо желания приписать себе честь восстановления единства католической церкви, не мог простить Григорию XII того, что этот папа признал мятежного Рупрехта Пфальцского Римским императором. Военное счастье давно повернуло в сторону Вацлава, но он хотел еще, чтобы новый папа торжественно подтвердил его права на Римскую корону. Не желая, чтобы чешское королевство казалось сколько-нибудь подозрительным в глазах католического мира, Вацлав не был доволен излишним усердием архиепископа в гонениях на еретиков. Сначала он сам содействовал искоренению ересей, но наконец решил, что сделанного довольно. Он приказал архиепископу объявить всенародно, что в чешских землях, после самого строгого расследования, более не осталось ни одного еретика. Архиепископ скрепя сердце сообщил королевское повеление синоду, но при этом велел, чтобы проповедники внушали народу правильное понятие о таинстве евхаристии.
Уничтожив ересь одним росчерком пера, Вацлав возобновил переговоры с кардиналами и обещал им прислать в Пизу торжественное посольство.
Известие о таком решении короля было весьма приятно для Гуса: Гус все еще не терял надежды на возможность внутренней реформы католицизма. Он и его сторонники надеялись, что с низложением Григория XII выиграет также чешское национальное дело – у всех были свежи в памяти опустошения, которым подверглись чешские земли во время восстания Рупрехта.
Когда король Вацлав потребовал от архиепископа и от университета отказаться от папы Григория, Прага разделилась на два враждебных лагеря. Меньшинство – немецкие профессора и купцы вместе с чешским высшим духовенством – стояло за Григория. Огромное большинство было за короля. В университете три немецкие “нации” были за папу и только одна чешская высказалась за нейтралитет. На этот раз Гус выступил уже в роли настоящего политического вождя чешского народа, и несомненно, что борьба, затеянная им против папы Григория, стала одной из главных причин враждебного отношения к нему всего высшего духовенства. На бурном заседании, созванном ректором Пражского университета, все чешские профессора высказались за нейтралитет. Архиепископ решил действовать круто: он велел прибить к дверям церквей объявления на латинском и чешском языках, в которых Гус как вождь чешской партии был объявлен непокорным сыном церкви, вследствие чего над ним была произнесена
