Лечивший Франциска врач предупредил его о приближении конца. Тогда Франциск попросил братьев перенести его в такое место, откуда бы он мог видеть часовню св. Дамиана и Порциункулы. Когда его принесли к этой последней часовне, он сказал, обращаясь к братии: “Никогда не покидайте этого места: оно священно”.
Франциск почти не мог двигаться, но несмотря на это, находясь еще в доме епископа, он постоянно просил, чтобы возле него пели сочиненный им гимн солнцу, и сам подтягивал, когда только мог. Таким образом во дворце епископа и днем, и ночью раздавалось пение, что вероятно немало его скандализировало, так как он находил подобную веселость перед лицом смерти крайне неуместной, особенно для духовного лица, но Франциск находил, что ему нечего печалиться, покидая этот мир, так как твердо верил, что идет к Тому, которому служил всю жизнь.
Умирающего Франциска ученики его принесли на руках и опустили на землю в оливковой роще, окружающей часовню Порциункулы. Он уже почти не различал предметов, но просил, чтобы его приподняли и повернули лицом к родному городу. Когда это сделали, он с усилием поднял руку и, прощаясь с родной землей, благословил ее.
Франциск умер в тихий, ясный осенний вечер, освещенный лучами заходящего солнца. Это было в октябре 1226 года. Тело Франциска на другой же день было перенесено в соборную церковь Ассизи и положено в подземную часовню, вход в которую был найден лишь в нынешнем столетии. Но не успела закрыться могила Франциска, как уже над нею разыгрались людские страсти. Принципы властолюбия и заботы о мирских интересах столкнулись с идеализмом, заложенным в основу ордена. Прежде всего было отвергнуто завещание Франциска, как несогласное с уставом, утвержденным церковью; первоначальный же устав ордена, как слишком суровый и несогласный с требованиями жизни, был изменен папой Григорием IX (бывший кардинал Уголино), который при этом выдвинул на сцену свои тесные отношения с Франциском. Все это вызвало раскол; орден распался на две ветви: конвентуалов и обсервантов, за и против смягчения устава и монастырской собственности. Распря над могилой миротворца приняла ожесточенный характер. Обсерванты, восставая против материализации ордена, сделались, в конце концов, ярыми противниками папской теократии и зачастую подвергались преследованию, и даже погибали на костре. Завещание Франциска было конфисковано и уничтожено; в своем ослеплении представители противоположных воззрений дошли даже до того, что сожгли его на голове одного из тех, кто требовал строгого соблюдения устава учредителя ордена.
