Старинный род Савонаролы происходил из Падуи. В начале XV столетия его семья переселилась в Феррару по приглашению Николая III, пожелавшего видеть при своем дворе знаменитого врача падуанской школы Михаила Савонаролу, прославившегося не только своими знаниями, но и любовью к бедному люду. У Михаила Савонаролы был сын Николай, немало занимавшийся, как дилетант, философией, сводившейся тогда к простой схоластике, но еще более занимавшийся проеданием при феррарском дворе скопленных его отцом капиталов. Он был женат на Елене Буонокорзи, происходившей из знаменитой мантуанской дворянской семьи и отличавшейся возвышенностью души и почти мужским складом ума и характера. У этой четы 21 сентября 1452 года родился третий ребенок, сын Иероним. Ребенок был не особенно красив, не отличался ни детской веселостью, ни детской беспечностью; серьезный, вдумчивый, сосредоточенный, он не был ни для кого интересен. Но два его старших брата были неудачниками – один пошел в солдаты, другой управлял отцовскими имениями, – и семья сосредоточила все свои надежды на третьем сыне, предназначая Иеронима с детства к роли великого врача. Наружность Савонаролы можно обрисовать следующими чертами: он был среднего роста, скорее низенький, чем высокий, но умел держать себя с достоинством, и все его движения и жесты были благородны и грациозны; он казался скорее полным, чем худощавым, хотя, всматриваясь в него, можно было заметить, что его маленькие руки костлявы и обтянуты одной кожей, что эта бледная, покрытая легким загаром на лице кожа говорит о малокровии, что его возвышенный и благородный лоб не по годам изрезан морщинами; лицо нельзя было назвать правильным и красивым, но оно привлекало своею выразительностью; большой, горбатый орлиный нос, крупные, плотно сжатые губы, выражавшие твердость характера, блестящие, синие с зеленым оттенком глаза, напоминавшие не то южное небо, не то южное море, красиво очерченные брови, густые, длинные ресницы и наконец мягкая, грустная улыбка, – все это невольно останавливало на нем внимание даже незнакомых людей.
Задавшись честолюбивыми планами для своего внука, Михаил Савонарола начал умело и толково посвящать ребенка в тайны естествознания чуть не с колыбели, преподавая ему в то же время грамматику и латинский язык. Ребенок оказался крайне восприимчивым и сообразительным, схватывая знания на лету. К несчастью, дед умер, когда мальчику шел всего десятый год. Тогда образованием ребенка занялся отец, преподавая ему философию как необходимый, по тогдашним понятиям, подготовительный предмет перед изучением естественных наук и медицины. Подробностей относительно посещения мальчиком школы и имен его учителей биографы Иеронима Савонаролы не знают. Известно только, что он удивлял всех своими способностями и умением диспутировать. Фома Аквинат и арабские толкователи Аристотеля увлекли юношу до такой степени, что он мог проводить целые часы в этом лабиринте, разбираясь в не связанных между собою силлогизмах. Все глубже и глубже уходил он в науку, читал Библию, вникал в ее смысл, искал правды, серьезный, вдумчивый, отдыхая иногда от этой работы за рисованием, музыкою, писанием стихов.
