Несмотря на страшное нравственное потрясение, Милль не мог долгое время оставаться праздным и в скором времени принялся за работу. Он был совершенно свободен, так как с 1858 года не состоял больше на службе в Ост-Индской компании, и мог жить где ему угодно, получая от правительства пенсию в 15 тысяч рублей. Не желая расставаться с тем местом, где умерла его жена, Милль купил небольшое поместье вблизи Авиньона и поселился там вместе со своей падчерицей. Он жил очень уединенно, почти ни с кем не виделся, но поддерживал оживленные контакты со своей родиной при помощи личной переписки с соотечественниками. Журналы и газеты, за которыми он следил очень тщательно, знакомили его с политическим положением Англии, а собственная литературная деятельность давала ему возможность оказывать влияние на общественное мнение.
В 1859 году Милль выпустил книгу «О свободе» – сочинение, в котором принимала деятельное участие его покойная жена; в 1860 году – «Исследование о представительном правлении», а в 1861 году – «Утилитарианизм». В 1865 году он напечатал обширное сочинение «О философии Гамильтона», посвященное метафизическим вопросам о границах познания, критериях истины, происхождении наших верований, о существовании внешнего мира и материи, о свободе воли и так далее. Сочинение это давало метафизическое основание всем тем воззрениям, которые были развиты Миллем в «Системе логики», и оно интересно, помимо глубины и серьезности содержания, еще и тем, что в нем глава современной эмпирической школы делает некоторые уступки идеализму.
Кроме этих крупных сочинений, Милль написал за это время целый ряд статей и памфлетов политического содержания. Оставаясь по большей части вдали от Англии, он принимал деятельное участие в политических событиях, и когда в 1865 году ему предложено было выступить кандидатом либеральной партии в одном из избирательных округов Вестминстера, он охотно принял это предложение. Но со своей обычной искренностью и прямотой он открыто объявил условия, на которых соглашался выступить кандидатом в парламент. Во-первых, вследствие своего убеждения в несправедливости обычая, требовавшего, чтобы кандидат своими деньгами расплачивался за все избирательные издержки, он отказывался принять издержки по избранию на свой счет. Во-вторых, он не соглашался отвечать на вопрос о своих религиозных убеждениях, и, в-третьих, он заранее объявил, что в своей парламентской деятельности не будет отстаивать сугубо местные интересы Вестминстера.
