В самый разгар этой неурядицы Коперник получил от капитула важное и ответственное назначение: по смерти Фабиана он был избран правителем епархии и оставался в этой должности до назначения нового епископа. Этот выбор показывает, каким уважением пользовался он в среде капитула.
С начала войны мы встречаем Коперника на самых трудных и ответственных местах. Он ездит к гроссмейстеру для переговоров, остается в Фрауенбурге, когда все его коллеги рассыпались по более надежным крепостям, защищает главную крепость Эрмеланда, становится во главе епархии в критическую минуту – между смертью одного и назначением другого епископа. При этом, однако, он никогда не выступает на первый план, а все время остается в тени, ограничиваясь ролью «той незаметной шестерни, от которой в конце концов зависит ход машины». В летописях и исторических актах, относящихся к той эпохе, на первом плане фигурируют имена Гизе, Фабиана, Скультети и других, о Копернике же упоминается как-то вскользь, и только позднейшие исследования в архивах показали, какую важную роль играл он в делах своей епархии.
Мы уже видели в нем эту черту скромности и равнодушия к внешним отличиям. Как в Италии он, при всех своих знаниях, талантах и любви к науке, еле собрался получить диплом; так и здесь за все свои труды и заботы он не получил даже прелатуры, а остался простым каноником.
Мало-помалу дела стали улаживаться. Сигизмунд издал эдикт о возвращении капитулу его имуществ. Польские войска оставили Эрмеланд. Несколько позже удалились и рыцари.
Закончилась эта история довольно неожиданно. Дела Тевтонского ордена вскоре ухудшились. Германия, его главная опора и надежда, не могла оказать ему помощи вследствие внутренних смут и войн с соседними государствами. Гроссмейстер тщетно искал поддержки против Сигизмунда; обращался к германским владетелям, проектировал даже поход в Турцию и, наконец, вздумал посоветоваться с Лютером, учение которого уже пустило свои корни в Пруссии и владениях ордена. Лютер посоветовал ему уничтожить орденский устав и превратить свои владения в светское государство. Совет был принят, и по Краковскому договору 1524 года Альбрехт Бранденбургский сложил с себя звание гроссмейстера и принял бывшую орденскую землю в качестве герцогства в лен от польского короля.
После Краковского договора военные действия прекратились, и для Эрмеландской епархии наступил период сравнительного покоя.
Общественная служба Коперника не ограничивалась епархиальными делами. На сейме в Грауденце он представил доклад по более общему вопросу, имевшему важное значение для всей Пруссии: по вопросу о монетной реформе.
