Капитул жаловался гроссмейстеру, но тот отвечал, что грабежи производятся «никому не ведомыми людишками», а орден тут ни при чем.
Кончилось дело войною. Капитул, видя, что с рыцарями не поладишь, обратился к Сигизмунду, и тот явился в Эрмеланд с войском. Гроссмейстер со своей стороны вторгся в пределы епархии. Началась война со всеми аксессуарами тогдашних войн: пожарами, опустошениями, истреблением садов и полей, избиением младенцев. Рыцари захватили несколько городов, выжгли много сел и деревень. Друзья-поляки тоже давали себя знать. Словом, стране приходилось плохо. Население попряталось по лесам. Каноники, опасаясь нападения на Фрауенбург, разбежались по разным крепостям; иные ретировались за границу.
В это печальное, смутное время Коперник проявил весьма энергичную деятельность. Он ездил для переговоров к Альбрехту; правда, ничего не добился, но это уже не от него зависело. Он находился в Фрауенбурге во время нападения на него рыцарей; затем вернулся в Алленштейн, главную крепость Эрмеланда, которой тоже грозило нападение. Действительно, была попытка осады, но астроном не ударил в грязь лицом и отсиделся. Какие заботы одолевали его в это время, видно из писем архидиакона Скультети, товарища и друга Коперника, тоже отсиживавшегося от врагов в Эльбинге. В этих письмах идет речь об укреплении замка, о присылке бомбард (небольших пушек), доставке пороха и тому подобном. Кроме того, Скультети советует Копернику выбрать надежного начальника гарнизона и не допускать к этой должности поляка, даже вообще не пускать поляков в замок: без сомнения, потому, что они могли передать крепость Сигизмунду, а капитулу вовсе не хотелось выпускать из рук свою главную твердыню.
Война Сигизмунда с Альбрехтом тянулась 15 месяцев и кончилась перемирием на четыре года. Начались переговоры о мире. В них принимал участие и Коперник. Капитул поручил ему составить жалобу против ордена, не исполнявшего условий перемирия. Жалоба эта, равно как и другие спорные вопросы, разбиралась на сейме в Грауденце; решено было удовлетворить капитул, но, как это часто случается, решение осталось на бумаге. Орден по-прежнему занимал эрмеландские города, изводил население контрибуциями, поборами, постоями; смотрел сквозь пальцы на грабежи своих солдат. В среде капитула происходили раздоры: каноники, бежавшие за границу при вступлении Альбрехта в Эрмеланд, вернулись домой и потребовали свою часть доходов за время войны; их коллеги, остававшиеся дома и претерпевшие невзгоды смутного времени, не хотели делиться с беглецами. В довершение неурядицы умер епископ Фабиан; поверенный польского короля захватил замок Гейльсберг, овладел епископскими доходами и стал приводить население к присяге Сигизмунду.
