Несмотря на счастливый поворот научной карьеры в Кенигсберге и, казалось бы, вполне благоприятные условия общественной жизни в этом городе, Бэр, однако, в глубине души все еще не переставал думать о возращении на родину. Узнав, например, об освобождении кафедры анатомии в Вильне (в то время в Вильне был университет), он вступил в переписку с профессором Боянусом, которая, однако, осталась без результата; точно так же не оставлял он намерения переселиться в случае возможности в Дерпт. Со стремлением вернуться на родину были связаны и его планы естественноисторического путешествия на север России: он тогда уже мечтал об экспедиции на Новую Землю или к северным берегам Сибири. Все эти планы, однако, встретили такие неодолимые препятствия, что Бэру пришлось от них отказаться, тем более, что условия его деятельности в Кенигсберге складывались для него все благоприятнее. В 1826 году он был назначен ординарным профессором анатомии и директором анатомического института с освобождением от лежавших до сих пор на нем обязанностей прозектора. Получив таким образом обеспеченное положение и располагая большим чем прежде запасом свободного времени, он мог вполне отдаться самостоятельной кабинетной работе и мало-помалу совершенно забыл о своих планах командировок и путешествий.
В эту эпоху (1819–1830) Бэр широко развил свою научную деятельность. Помимо лекций по зоологии и анатомии, читавшихся им в университете, он написал целый ряд специальных работ по анатомии животных, сделал множество докладов в ученых обществах по естественной истории и антропологии, которою он уже в то время начал живо интересоваться, – а особенно увлекся он эмбриологическими исследованиями, которые наиболее прославили его имя. Еще в бытность в Вюрцбурге он интересовался, как мы видели, историей развития цыпленка, которую Деллингер поручил обработать Пандеру; здесь, в Кенигсберге, Бэр сам взялся за это дело, и ему блестяще удалось разъяснить разные эмбриологические вопросы, остававшиеся, несмотря на труды предшественников, всё еще весьма запутанными. От эмбриологии птиц Бэр перешел к истории развития других позвоночных, и тут ему посчастливилось сделать (1826 г.) блестящее открытие: он впервые нашел яйцо млекопитающих. Это открытие было им обнародовано в форме послания (De ovi mammalium et hominis genesi epistola) на имя С.-Петербургской академии наук, которая избрала его своим членом-корреспондентом. Более цельное и подробное сообщение о своих эмбриологических исследованиях он представил своему бывшему учителю Бурдаху для напечатания в виде эмбриологического отдела в издаваемом Бурдахом руководстве по физиологии. Но когда этот том вышел в свет, оказалось, что доставленный Бэром материал был без его ведома перетасован и отчасти даже изменен Бурдахом. Бэр остался этим недоволен, и у него вышло с Бурдахом даже некоторое столкновение. В результате Бэр решил издать свои исследования отдельно, и в 1828 году уже появился в печати первый том его знаменитой «Истории развития животных», посвященный им другу юности – Пандеру.
