В сентябре Бэр был уже в Архангельске и оттуда благополучно возвратился в Петербург, вполне довольный своим путешествием. Академии была передана коллекция животных и растений Новой Земли.
Это путешествие повело за собою стремление к новым подобным же предприятиям; в 1839 году Бэр совершил со старшим сыном своим Карлом поездку для исследования островов Финского залива, а в 1840 году вместе с будущим знаменитым путешественником Миддендорфом (в то время профессором Киевского университета) посетил Кольский полуостров. Он надеялся еще раз попасть на Новую Землю, но на этот раз это не удалось. Таким образом, Бэр все более и более втягивался в область географии, и с 1840 года начал издавать, вместе с Гельмерсеном, особый журнал при академии, под названием «Beiträge zur Kermtniss des russischen Reiches» («Материалы к познанию Российской империи»). Путешествия его, однако, были на время прерваны новыми обязанностями, возложенными на него: с 1841 года он был назначен ординарным профессором сравнительной анатомии и физиологии в Медико-хирургической академии. Назначение это воскресило в нем совсем уже угасающее влечение к анатомическим и эмбриологическим работам; но в академии ему не особенно повезло: никак нельзя было ни устроить преподавания вполне согласно предложенной им программе, ни обзавестись надлежащим помещением, ни добыть достаточно средств для вполне научной постановки дела. Сама преподавательская деятельность Бэра не могла получить достойного развития уже потому, что он все еще не владел русским языком и принужден был читать свои лекции по-латыни. Тем не менее, он принес все же немалую пользу Медико-хирургической академии, добившись, энергичными хлопотами вместе с Пироговым и Зейдлицем, учреждения при академии анатомического института, в котором преподавание, по крайней мере, человеческой анатомии было поставлено наконец на надлежащую высоту. Но должность профессора, хотя и значительно увеличивала его содержание, в общем настолько тяготила его, не доставляя в то же время никаких удобств для самостоятельных зоологических работ, что Бэр в 1852 году сложил с себя это звание.
В течение своей десятилетней деятельности в Медико-хирургической академии Бэр не мог сам принимать личного участия в экспедициях, снаряжаемых Академией наук, но внимательно следил за этими экспедициями и продолжал живо интересоваться географическими вопросами. По его ходатайству отправлена была экспедиция в северную Сибирь (на Таймырский полуостров) под начальством Миддендорфа, для которого Бэр написал подробную инструкцию; по возвращении Миддендорфа (в 1845 году) зашла речь об учреждении в России Географического общества, необходимого для разработки накопившегося уже обширного материала и для организации новых исследований необъятной Российской империи. Мысль эта была поддержана многими высокопоставленными лицами, и в 1845 году уже утвержден был устав нового общества, с ежегодною правительственною субсидией в 10 тысяч рублей; первым президентом его соблаговолил быть великий князь Константин Николаевич. В деятельности этого общества Бэр принимал выдающееся участие в качестве члена совета, председателя этнографического отдела, а в 1857 году был избран почетным членом общества.
