Профессорская деятельность Пирогова в Медико-хирургической академии занимает 14-летний период времени, с 1841-го по 1854 год. Это было время полного расцвета сил Пирогова, время многосторонней и плодотворной научной и практической его деятельности. Занимая созданную им кафедру госпитальной хирургии, он читал вместе с тем лекции патологической и топографической анатомии и заведовал громадною хирургическою клиникой. Как директор вызванного им к жизни анатомического института он руководил занятиями студентов и врачей и сам с увлечением разрабатывал огромный анатомический материал, находившийся в его распоряжении. В этом же институте он продолжал свои занятия экспериментальною хирургией, ставил опыты над животными. Помимо занятий по академии, Пирогов состоял еще консультантом больших петербургских больниц – Обуховской, Марии Магдалины, Петропавловской и Максимилиановской. Наконец, он имел первую хирургическую практику во всей столице.
Из ученых трудов Пирогова за петербургский период, кроме указанных выше, обращают на себя внимание его прекрасный “Курс прикладной анатомии человеческого тела” и предназначенные преимущественно для судебных врачей “Анатомические изображения наружного вида и положения органов, заключающихся в трех главных полостях человеческого тела”. Но капитальным трудом Пирогова по анатомии является его знаменитая “Топографическая анатомия по распилам замороженных трупов”. Исходя из той мысли, что обычный принятый в анатомии способ исследования (препарирование), т. е. изолирование частей друг от друга с удалением связывающей их клетчатки с помощью ножа, не дает полного и, главное, правильного представления о взаимном соотношении частей в организме, Пирогов ввел в науку новый метод анатомического исследования при помощи распилов замороженных трупов. При этом вполне сохранялись нормальное положение органов и соотношение частей. В этом своем руководстве, представляющем четыре тома таблиц и рисунков и четыре тетради текста in folio, Пирогов всесторонне применил свой метод и благодаря этому обогатил науку целым рядом ценных фактов. В своем сочинении для лучшего уяснения анатомических данных автор сплошь и рядом делает ссылки на историю развития и сравнительную анатомию, а анатомическими данными он пользуется для объяснения особенностей хода болезненных процессов в данной области тела, что дает возможность делать выводы, непосредственно приложимые к клинике. Этим трудом, до сих пор не имеющим себе равного во всей европейской литературе, Пирогов, бесспорно, создал себе монумент aere perennius.
