Нашему ученому поручено было составить похвальное слово Петру Великому. Это занятие, хлопоты по изданию второго тома его сочинений и русской грамматики, а также многочисленные обычные работы отвлекли Ломоносова несколько в сторону, и борьба с врагами временно затихла.
13 февраля 1757 года Ломоносов, еще в 1755 году отказавшийся от кафедры химии, добился-таки непосредственного участия в управлении академическими делами. Президент, вероятно, откликаясь на ходатайство И. Шувалова, издал, под предлогом дряхлости и старости Шумахера, распоряжение, которым повелевалось коллежскому советнику и профессору Ломоносову вместе с Шумахером и Таубертом присутствовать в академической канцелярии и вместе с ними подписывать все текущие дела.
Присутствие нашего академика в канцелярии навело страх на его сочленов. Шумахер не произносил ни одного слова, а Тауберт “высказывался несмеющим противоречить тому, что предлагал Ломоносов”. В новом своем положении наш академик стал распоряжаться весьма самостоятельно, чтобы не сказать более, и дал своим врагам почувствовать свою власть. Но все-таки все его распоряжения имели своим основанием искреннее желание принести пользу Академии и всей России. Мюллер поторопился жаловаться на него президенту, но эти доносы закончились выговором знаменитому историографу.
7 января 1758 года наш академик представил президенту записку о неудовлетворительном состоянии Академии и о мерах по улучшению его. Граф Разумовский в ответ на это представление назначил Ломоносова заведовать всеми учеными и учебными отделениями Академии.
Тогда же Штелину были поручены художества, а Тауберту – типография, книжная торговля и мастерские.
Ломоносов немедленно обратил особенное внимание на увеличение числа учеников гимназии и студентов университета, хлопотал и об улучшении их содержания. Вскоре после этого нашему академику поручено было заведовать географическим департаментом. Тогда Ломоносов энергично приступил к составлению большого атласа Российской империи.
26 мая 1759 года он потребовал от синода подробный список всех синодальных строений, церквей, монастырей, сведения об их устройстве и положении, “а сверх того присланы были из монастырей с исторических описаний о времени построения оных для сочиняющейся российской истории копии”. В Сенат же Ломоносов подал ходатайство о содействии для получения сведений о городах, их положении, устройстве, экономическом состоянии, торговле, промыслах, заводах, фабриках и так далее. Причем опять-таки не забывалось и об интересах истории: ученый просил присыпать копии с летописей.
