Стрельба из носовых пушек во всем диапазоне скоростей и высот полета на работу силовой установки влияния не оказывала. Вместе с тем, из-за аэродинамических потерь в удлиненных воздушных каналах снизились летные характеристики летающей лодки: максимальная скорость – с 910 до 886 км/ч, практический потолок – с 12500 до 12200 м, дальность – с 2895 до 2610 км. Поэтому серийные машины подобным образом решили не переоборудовать, а ограничились лишь установкой на них брызгоотражательных щитков.
Создатели Бе-10 очень большое внимание уделили технологичности своего изделия, а при освоении нового гидросамолета на таганрогском заводе № 86 внедрили уникальное оборудование. Например, гидропресс для изготовления листов обшивки методом обтяжки с растяжением, электровоздушные агрегаты термообработки, сварочные автоматы и полуавтоматы. В цехе агрегатной сборки были построены стапеля согласно членению лодки на четыре отсека. Были освоены новые технологические процессы, такие как групповая обработка деталей, гибка трубопроводов с гидронаполнением, химическое фрезерование, ультразвуковая пайка. Для обеспечения водонепроницаемости лодки сборка впервые велась с применением герметика У-ЗОМС, заменившего ранее применявшуюся тиоколо-вую ленту. Использовались также крупнопанельные элементы из дюралевого сплава, что существенно снизило вес и позволило добиться большей точности изготавливаемых деталей, применен литейный сплав Ал-8 для силовых узлов (впоследствии сыгравший роковую роль в судьбе машины) и стальное литье из 35ХГСА. Многочисленные проблемы, возникавшие в ходе подготовки к серийному строительству, а потом и в его процессе, без проволочек решались совместными усилиями специалистов завода и ОКБ. Этому способствовали начальники производств обоих предприятий А. И. Шамров и Н. К. Гавранек, начальники сборочных цехов А. Я. Егоров и Н. Д. Прибытков, а потом и И. Я. Акопов.
Выпускался Бе-10 только на заводе № 86 с 1958 по 1961 гг., где в общей сложности построили 27 серийных машин. Пик производства пришелся на 1959 г., когда было сдано 12 таких самолетов. Испытания и приемка серийных летающих лодок не обошлись без летных происшествий.
29 июня 1960 г. на заводском гидроаэродроме потерпел аварию Бе-10 № 9600403, которым управлял экипаж военной приемки во главе с летчиком-испытателем подп-ком Ю. А. Цырулевым. В тот день стоял полный штиль, поверхность Таганрогского залива превратилась в настоящее зеркало, и определить «на глаз» расстояние до нее при посадочной скорости в 210 км/ч оказалось очень сложно. В такой ситуации достаточно было катеру с выносным командно-диспетчерским пунктом (КДП) «пробежать» по акватории гидроаэродрома перед посадкой, и кильватерный след стал бы хорошей подсказкой летчику. Но этого не сделали, и Цырулев, неправильно рассчитав свои действия, бросил самолет вниз с большей, чем положено, высоты. В результате удара о воду машина была сильно повреждена. Экипаж, к счастью, остался жив, однако серьезно пострадал стрелок-радист старшина Н. А. Авдеенко, слишком рано освободившийся от привязных ремней.
