Ввиду того что танковые части и моторизованная пехота противника перерезали шоссе Симферополь — Севастополь, основным силам Приморской армии пришлось отступать через горный хребет Яйла на Алушту и Ялту. В течение нескольких дней враг захватил значительную часть Крымского полуострова: 31 октября — Евпаторию, 1 ноября — Симферополь, 3 ноября — Феодосию. К 4 ноября его войска овладели всем побережьем от Ялты до мыса Чауда.
В связи с тем что противник занял большинство крымских аэродромов и создалась опасность массированных воздушных ударов по главной базе и находившимся в ней кораблям, по приказанию командующего флотом в ночь на 1 ноября часть кораблей эскадры, включая линейный корабль «Парижская коммуна», крейсер «Молотов» и лидер «Ташкент», вышла из Севастополя в порты Кавказского побережья. В последующие дни были перебазированы и другие корабли, эвакуированы в кавказские порты и некоторые службы флота, в районе Туапсе развернут запасной флагманский командный пункт флота.
Поражение наших войск на севере Крыма выдвинуло на первый план задачу обороны Севастополя и Керчи, проблему предотвращения прорыва противника через Керченский пролив на Северный Кавказ. Следует отметить, что Военный совет флота, предвидя возможность ударов по Севастополю с суши, еще в июле 1941 г. принял решение приступить к сооружению сухопутных оборонительных рубежей. Ежедневно на их строительстве трудились несколько тысяч человек — личный состав частей гарнизона и жители города. Однако к моменту подхода вражеских войск к Севастополю создание надежной системы обороны еще не было завершено. Но все же эти мероприятия сыграли важную роль в срыве немецкого плана захватить Севастополь с ходу, до подхода сюда частей отступавшей кружным путем Приморской армии. Морские подразделения гарнизона города и формирования гражданской обороны 30 и 31 октября сдержали натиск врага. Так началась героическая оборона Севастополя. [44]
31 октября вице-адмирал Г. И. Левченко поставил перед войсками Крыма задачу: оборонять главную морскую базу — Севастополь и подступы к Ак-Монайскому перешейку.[29]
После оставления Ишуньских позиций разрозненные и сильно поредевшие в боях части 51-й Отдельной армии отходили к Керченскому полуострову. А ее штаб, 172-я, 184-я стрелковые, 40-я и 42-я кавалерийские дивизии, отрезанные от основных сил, следовали в Севастополь. Фактически с 31 октября войска, отступавшие к Керчи, остались без централизованного управления.
