2 сентября германское информационное бюро хвастливо заявило, что все советские войска на Таманском полуострове обречены на уничтожение или пленение, но гитлеровцы просчитались. Командование Закавказского фронта приказало командующему НОР эвакуировать оставшиеся части в течение 4 сентября. Организация эвакуации была возложена на заместителя командующего Новороссийским оборонительным районом по морской части.
Все части и подразделения Керченской военно-морской базы, оборонявшие Таманский полуостров, к исходу 3 сентября были сосредоточены в районе мыса Панагия, станицы Благовещенской и косы Бугаз. В их перевозке в Новороссийск и частично в Геленджик участвовало более 60 кораблей, катеров и судов. Последним Таманский полуостров покинул 305-й отдельный батальон морской пехоты, прикрывавший эвакуацию.
Всего к исходу дня 5 сентября удалось эвакуировать более 5,5 тыс. человек (в том числе и всех раненых) с личным оружием, пулеметами и минометами, а также вывезти 15 т боеприпасов.[146] Из личного состава Керченской военно-морской базы были сформированы три батальона морской пехоты, которые сразу же вступили в бой, разгоревшийся на окраинах Новороссийска. Тяжело было оставлять берега Керченского пролива, Таманский полуостров, но другого выхода не было. Впереди предстояла упорная борьба непосредственно у стен Новороссийска. Именно туда направлялись части и подразделения Азовской военной флотилии и Керченской военно-морской базы.
Одновременно с переправой войск на Таманский полуостров противник продолжал наступление на Новороссийск с запада. В первой половине дня 2 сентября наши войска отошли из долины реки Сукко. Вечером того же дня комендант Анапского сектора доложил, что все роты понесли большие потери и расчленены; противник преследует отходящий штаб.[147] Частям Анапского сектора [157] было приказано занять оборону на рубеже высоты 491,7 и 539,8, Лобанова щель, Топольная щель и перерезать дорогу у Лихтериевой щели.[148] Но уже в полдень 4 сентября подвижные части противника заняли Глебовку и начали вести систематический минометный обстрел мыса Утришенок, Топольной и Лобановой щелей, а через сутки его войска вышли к Мысхако. Части Анапского укрепленного сектора были блокированы с суши в районе Топольной щели. Отсюда в ночь на 6 сентября отряд кораблей в составе тральщика «Т-411», четырех сторожевых катеров и плавсредств Новороссийской военно-морской базы эвакуировал около 550 человек. На этом боевая деятельность частей Азовской военной флотилии и Керченской военно-морской базы в Анапском укрепленном секторе завершилась. Своими действиями они оказали существенную помощь оборонявшим Новороссийск войскам, сдерживая натиск врага с западного направления вдоль побережья Черного моря. С 5 сентября противник получил возможность бросить все свои части, освободившиеся на побережье от мыса Панагия до Южной Озерейки, на штурм Новороссийска с западного направления.
