Черные дни начались для дацана в начале 1930-х гг. Арестованы почти все ламы: к концу 1937 г. в Агинском дацане, где когда-то насчитывалось около 900 лам, их осталось всего 32. В 1938 г. Агинский аймачный исполком принял решение о закрытии Агинского дацана. Религиозная утварь была вывезена в музеи, часть распродана и разграблена. В 1940 г. в дацане размещена воинская часть (это, наверно, и спасло дацан от полного разрушения). Именно ее начальство подало сигнал о том, что здесь гибнут предметы культуры, представляющие ценность для государства. В этом же году экспедиция, приехавшая из Ленинградского института востоковедения, Музея истории и религии, Музея антропологии и этнографии, увезла уцелевшие сокровища (в основном книги, а также разобранную на части статую Майдари).
В послевоенные годы территория дацана использовалась под машинно-тракторную станцию. Были разобраны ступа Брайбун Шодон, Майдари-дуган, Чойра-дуган, Шарайд-дуган. Мунхо-Маанин-дуган, Номой-сумэ были полностью разрушены. В белокаменном Даши Лхундублинг размещался детский дом. В цокчен-дугане – туберкулезный санаторий, а Манба-дуган, Джуд-дуган, Дуйнхор-дуган были превращены в клуб и столовую для больных.
В 1946 г. правительство разрешило открыть в стране два дацана – Иволгинский и Агинский. В 1950 г. уцелевшие ламы провели первый молебен. В 1956 г. настоятелем Агинского дацана стал Жамбал-Доржи Гомбоев. В 1991 г. Агинский дацан посетил и освятил его святейшество далай-лама XIV Тензин Гъяцо. В этом же году из Ленинграда вернулась величественная статуя Майдари и около 250 других культовых вещей.
В 1993 г. в Агинском дацане вновь открыта Буддийская школа тибетской медицины с двумя факультетами: философским и медицинским, в 1994 г. учрежден филиал Института (ныне университет) тибетской медицины и астрологии (Дхарамсала, Индия).
Агинский дацан возродился и стал одним из крупнейших буддийских центров России. Он поддерживает постоянную связь с буддийскими монастырями Тибета и Индии.
Достопримечательности
Комплекс Агинского дацана – выдающийся образец архитектурного творчества бурятского народа. Несомненный интерес вызывает здание нового соборного храма цокчен-дугана, старого двухэтажного храма Даши Лхундублинг, многочисленные байпуры (курильницы благовоний), львы-хранители, каменные стелы и молитвенные барабаны.
Цокчен-дуган
Великолепное трехэтажное здание, украшенное с южной стороны портиком с шестью колоннами, посвящено Будде Шакьямуни. В храм ведут пять дверей, покрытых ажурной резьбой. За ними главный зал молитвенных собраний. В нем 30 расписных колонн расположены в пять рядов. На втором этаже – верхний, более скромный, молитвенный зал. На третьем этаже, опоясанном галереей с колоннами, размещается гонкан (хранилище) храма.
