Гарвею пришлось пережить много неприятностей, но затем с его учением стали считаться всё больше и больше. Молодые врачи и физиологи пошли за Гарвеем, и учёный под конец жизни дождался признания своего открытия. Медицина и физиология вступили на новый, подлинно научный путь. Открытие Гарвея создало коренной перелом в развитии медицинской науки.
Придворные отношения нередко отрывали Гарвея от профессиональных занятий. Так, в 1630–1631 годах он сопровождал герцога Левнокса в поездке на материк. В 1633 году он ездил с Карлом I в Шотландию, а в 1636 году находился в свите графа Аронделя, отправлявшегося послом в Германию.
Когда началась революция, король оставил Лондон и Гарвей последовал за ним. Лондонское население разграбило Вайтхолл и квартиру Гарвея: при этом были уничтожены его работы по сравнительной и патологической анатомии и эмбриологии — результат многолетних исследований. Гарвей находился при Карле I во время Эджгильской битвы, а затем поселился в Оксфорде, который на время сделался главной квартирой короля. Тут он был назначен деканом мертонской коллегии, но в 1646 году Оксфорд был взят парламентскими войсками и учёному пришлось оставить должность декана. С этого года он совершенно устранился от политики, в которой, впрочем, и раньше не принимал активного участия, и переселился в Лондон. Здесь он выстроил для лондонской коллегии врачей дом, в котором была помещена библиотека и происходили заседания общества. Гарвей также подарил этому учреждению коллекцию естественно-исторических препаратов, инструментов и книг.
В последние годы жизни учёный занимался эмбриологией. В 1651 году Гарвей опубликовал свой второй замечательный труд «Исследования о рождении животных». В нём он описывает развитие зародышей, правда, не во всех подробностях, ведь микроскопа у него не было. И всё же он сделал ряд открытий в истории развития зародыша, а главное — твёрдо установил, что всё живое развивается из яйца. Из яйца развиваются не только животные, откладывающие яйца, но и живородящие. Гарвей не видел яйца млекопитающего — оно было открыто лишь в 1826 году русским учёным Карлом Бэром, — но смело утверждал, что и зародыш млекопитающих образуется из яйца. Семена растений приравнивались к яйцу животных.
«Всё живое из яйца!» — гласила надпись на рисунке, украшавшем книгу Гарвея. Это было основной мыслью книги и стало лозунгом нового направления в науке, лозунгом, который нанёс тяжёлый удар сторонникам самозарождения и любителям рассказов о зарождающихся в грязи лягушках и о прочих чудесах.
