Строго соблюдая траур, она уединилась в Непи. В Ватикане же траур был весьма призрачным.
После смерти Альфонса Александр и Чезаре начали подыскивать Лукреции нового мужа. Желая расширить влияние Борджиа, они положили глаз на соседнее с Романьей княжество Феррару. Роль жениха отводится наследному принцу Феррарскому Альфонсу д'Эсте. Лукреция настаивает на заключении этого брака, т. к. предчувствует, что он станет ее личным триумфом. Действительно, так и случилось. Даже первоначально враждебно настроенные к ней люди изменили свое отношение. Двор Лукреции становится одним из самых блестящих дворов того времени.
Лукреция руководит светской жизнью, организовывая приемы, праздники и постановки. Вокруг нее собрались такие неординарные личности, как поэты Никколо де Корреджо, Веспассио и Эрколе Строцци, Антонио Тибальдео, философ и поэт Пьетро Бембо.
После смерти старого герцога Лукреция все больше и больше принимает участие в управлении герцогством. Альфонс доверяет ей и защиту города.
В конце своей короткой, но яркой жизни она, государыня и мать семейства, стала набожной, носит власяницу и регулярно посещает церковь. Кроме того, она вступила в ассоциацию мирян при ордене Францисканцев.
Содержание войска Чезаре требовало все больше и больше денег. Чтобы собрать их, папа назначает 10 новых кардиналов, предварительно собрав с них взносы. Вновь назначенный кардинал Корнето пригласил на ужин папу и его сына. Последствия этого ужина не заставили себя ждать: 72-летний папа умер, а Чезаре мучила лихорадка, от которой он вылечился, по преданию, только благодаря ваннам из горячей бычьей крови. Его дворец разграблен, земли захвачены, поддержки больше нет.
Старые противники, Орсини и компания, договорились преследовать Чезаре, «пока его не настигнет смерть».
Чезаре был арестован по тайному приказу папы Юлия II, а затем передан испанской короне и перевезен в Валенсию, где ему предъявила иск в убийстве своего мужа вдова Хуана Гандийского. Процесс длился долго, и за это время Чезаре сумел подготовить и осуществить побег в Наварру к своему шурину, Жану Наваррскому. Отсюда он связывается с родственниками и планирует новый взлет своей карьеры.
Король Жан Наваррский назначил Чезаре главным капитаном своих армий и отправил осаждать крепость Вианы. Однажды ночью во время грозы часовые покинули свои места, а враг не дремал. Лагерь Чезаре был атакован. Борджиа спросонья в одиночку бросился в гущу врага, но силы были неравными. Прах Чезаре Борджиа похоронили в приходской церкви Санта-Мария.
