Умный и хитрый, полный амбиций и лишенный угрызений совести, Чезаре нанимает убийц. 14 июня 1497 года герцог Хуан Гандийский был заколот девятью ударами кинжала и сброшен в Тибр. Потрясенный смертью любимого сына, Александр VI назначает расследование и объявляет начало церковной реформы. Однако расследование вскоре было прекращено (скорее всего, папа знал имя убийцы, но не хотел скандала вокруг своей семьи), а о реформе как-то позабыли. Папа занялся решением семейных проблем.
Немного спустя после свадьбы Лукреции оказалось, что союз со Сфорца не так уж и выгоден Александру. В 1497 году молодой муж бежал к родным, не найдя себе места при дворе папы, а Лукреция, по традиции,[12] удалилась в монастырь Сан-Систо. Папа начинает бракоразводный процесс. Для того чтобы он состоялся, нужно доказать, что Джованни не исполнял супружеские обязанности по причине импотенции. Сфорца отказывается это признать, т. к. он уже был женат, и его жена умерла при родах. Более того, на оскорбление он отвечает оскорблением, обвиняя папу в инцесте. (Что касается папы, то это вряд ли правдоподобно, однако достоверно известно, например, что Чезаре имел, интимные отношения со своей невесткой Санчией, а также предполагают, что его любовницей была Лукреция). В конце концов Джованни убедили признаться во временной мужской слабости, наступившей й результате порчи.
Почти каждый день папа пишет дочери нежные и трогательные письма. Почтальоном между папой и скучающей Лукрецией был испанский камергер Педро Кальдес (Кальдерон), или Перотто. Он быстро завоевал доверие Лукреции, в результате чего девушка забеременела.
Когда о беременности сестры узнал Чезаре, он пришел в ярость. Через месяц после развода Лукреции Чезаре ранил шпагой Перотто у самого трона папы. Перотто посадили в тюрьму и очень скоро он не по своей воле упал в Тибр. 15 марта 1498 года Лукреция родила мальчика Джованни, названного «римским инфантом» (и ставшего впоследствии прапрадедом Джан Баттиста Памфили — папы Иннокентия X).
Чтобы узаконить этого ребенка, папа Александр VI издал две буллы, согласно одной из них отцом этого ребенка был кардинал Чезаре, а согласно другой — папа римский. Когда стало известно о существовании этих булл, по Риму вновь поползли слухи о кровосмесительной связи отца и дочери.
Рождение «римского инфанта» не помешало переговорам о браке Лукреции и неаполитанского принца Альфонса Арагонского, князя Бисельи. После заключения брачного договора и улаживания всех формальностей сыграли свадьбу.
