Оставив горячо любимую мать заниматься внутренними делами, Алексей отправился на восток и в течение весны добился заключения мирного договора с турками. Потом он начал военные действия против норманнов.
Трижды потерпев поражение, на четвертый раз он добился успеха. Содержание армии требовало больших затрат, а денег в казне не было.
Тогда Алексей приказал переплавить все имевшиеся у Комнинов золотые и серебряные вещи. Но и этого было мало. Император отдал приказ отдать в переплавку церковную утварь. Этот шаг вызвал сопротивление священников, но Алексей не обратил на них никакого внимания.
Особенно длительной и упорной была борьба с печенегами, в течение многих лет наводивших ужас на население империи. Зимой 1091 года они даже подошли к столице. Не имея достаточно сил для сопротивления, Алексей заключил союз с половецкими ханами, подкрепив его богатыми дарами. И лишь с их помощью 29 апреля 1092 года печенеги были разбиты. Много кочевников было взято в плен. Воины императора испугались такого количества пленных, и ночью почти все были убиты. Так в одни сутки народ, наводивший ужас на соседей, был истреблен. Избавившись от внешней угрозы, Алексей занялся восстановлением городов, возрождением ремесел и укреплением армии. Он сделал ставку на наемную армию и ополчение прониаров. Прониары, подобно западным рыцарям, получали земельные наделы на условиях военной службы.
В конце 1096 года император смог проверить боеспособность своего нового войска: вместе с прибывшими крестоносцами оно участвовало в крестовом походе. Во время этого похода отношения между византийцами и крестоносцами складывались самым неблагополучным образом, постоянно вспыхивали ожесточенные схватки. Поэтому Алексей тоже стал неприязненно относиться к пришельцам. Когда пилигримы были осаждены турками в Антиохии, Алексей отказался прийти им на помощь.
В 1197 году сын Роберта Гвискара, Боэмунд, уже однажды побежденный Алексеем, снова вторгся в Иллирию, но встретившись с новым войском императора, он по достоинству оценил его мощь и признал себя и своего племянника Танкреда, владевшего Антиохией, вассалом Византии.
В последние годы своего правления Алексей много воевал с турками, в 1113 году он разгромил их под Никеей, а в 1116 году регулярными набегами опустошал окрестности турецкой столицы Иконии. В конце концов турецкий султан был вынужден просить мира.
Подписав мирный договор с турками, Алексей I заболел, а власть перешла в руки его сына Иоанна II. Алексей хотел видеть своим преемником Иоанна, а его жена больше любила дочь Анну и ее мужа Никифора Вриенния, поэтому вскоре после смерти Алексея Никифор и Анна подняли мятеж против Иоанна. Однако заговор был раскрыт. Иоанн никого из заговорщиков не наказал, он лишь на время отобрал их имущество.
