Противоборство — дипломатическое и военное — с отстаивавшими свою свободу североитальянскими коммунами и папством заполнили почти все царствование короля.
В июле 1215 года Фридрих 11 торжественно принял крест и обещал в скором времени возглавить крестовый поход против неверных.
На IV Латеранском соборе был назван крайний срок отъезда Фридриха 11 в крестовый поход — 1 июня 1216 года. Однако этот отъезд не состоялся. В империи обострилась борьба духовных князей против императорской власти, и Фридрих вынужден был отказаться в пользу князей от многих своих привилегий: права чеканить монету, устанавливать пошлину, открывать рынки и строить города. Он отказался от сполий, то есть права наследовать движимое имущество епископов и аббатов и пользоваться доходами их имений до назначения преемника. Благодаря этим уступкам духовенству девятилетний сын Фридриха был избран наследником римского короля.
В 1220 году после долгого торга с князьями Фридрих II отправился в Рим, где был коронован Гонорием III в императоры, и дал торжественный обет в 1221 году уже быть в Малой Азии. Предварительно он издал крайне суровый закон против еретиков, являвшийся как бы платой за отсрочку крестового похода. Однако беспорядки в Северной Италии и Сицилии вновь задержали Фридриха.
В ноябре 1225 года император женился на королеве Иерусалимской. Брак был заключен по политическому расчету. Сразу после свадьбы Фридрих II принял титул короля Иерусалимского и потребовал, чтобы палестинские бароны и рыцари присягнули ему на верность.
Положение Фридриха ухудшилось после смерти папы Гонория III. Новый папа Григорий IX решительно потребовал немедленного отъезда императора на Восток.
Презрительно относившийся к папским наемным армиям, Фридрих все время откладывал поход и предлагал, чтобы сначала отправились в Святую землю князья, обещая пойти вслед за ними. Это требование императора вызывалось тем, что он опасался, как бы князья не остались в Германии и не отправили его одного в Палестину.
Под угрозой отлучения от церкви Фридрих все-таки вынужден был отправиться в крестовый поход. Летом 1227 года он собрал в Бриндизи (на юге Италии) огромную армию в 60 тысяч рыцарей и крестьян. Однако вскоре он вернулся обратно, ссылаясь на эпидемию лихорадки, из-за которой его армия заметно поредела. Но в лице престарелого папы Григория IX Фридрих встретил достойного противника. Под угрозой интердикта он потребовал от жителей Сицилийского королевства выдачи ему императора. Фридрих со своей стороны грозил Григорию свергнуть его с папского престола и «избрать» нового папу. Тогда Григорий отлучил его от церкви и запретил крестовый поход под предводительством императора.
