Его отец скончался в 1197 году, оставив трехлетнего Фридриха наследником императорского престола. Опекуном Фридриха стал самый могущественный из пап Средневековья — Иннокентий III.
В 1209 году Фридрих достиг совершеннолетия, и через несколько месяцев он женился на вдовствующей венгерской королеве, которая была старше его на десять лет.
В марте 1212 года Фридрих присягнул на верность Иннокентию III как сюзерену Сицилийского королевства. После чего во главе небольшого отряда перешел через Альпы и вступил в Германию, где встретил горячую поддержку местных князей. Заручившись помощью французского короля Филиппа Августа, Фридрих победил своего конкурента в борьбе за престол Оттона Брауншвейгского и 9 декабря 1212 года принял в Майнце корону Германии.
Фридрих не скупился на обещания папе. В июле 1213 года он подписал в Эгре Золотую буллу, где «во внимание к безграничным и неисчислимым благодеяниям своего защитника и благодетеля папы Иннокентия» обещал повиноваться святому престолу, подтверждал свободу церковных выборов и апелляций к папе, обязывался помогать папе против еретиков и, наконец, признавал принадлежащими папству те земли в Центральной Италии, на которые оно изъявляло притязания. Под властью нового императора, таким образом, оказались не только Германия, но и Северная Италия и Сицилия.
На многолюдном франкфуртском съезде в ноябре 1214 года Фридрих принял изъявления покорности от герцога Брабантского, последнего могущественного союзника Оттона, а к лету 1215 года вся империя признала его своим повелителем.
Итак, Фридрих II стал владетелем Германии и Сицилии. Этого больше всего опасался Иннокентий III, поставивший Фридриху условие, чтобы императорский и сицилийский скипетры не соединялись в одних руках. Фридрих без долгих размышлений согласился на это условие Сицилийское королевство считалось «заложным», папа признавался его верховным владыкой, а Фридрих в отношении своих сицилийских владений — лишь ленником, поскольку император не имел права объединить Сицилийское королевство с империей.
Политика Фридриха II состояла в том, чтобы укреплять свою власть и увеличивать свои доходы в богатом Сицилийском королевстве, которое он считал главным из своих владений и называл «зеницей ока», путем уступок Духовным и светским феодалам жить в мире с Германией, используя ее военные ресурсы; окружить папу со всех сторон и подчинить его себе, до поры, до времени держась с ним осторожно; наконец, принудить к повиновению североитальянские города, чтобы, как заявлял Фридрих, «этот центр Италии, окруженный со всех сторон нашими силами, вернулся к повиновению нашему величеству и единству империи».
