Когда же афинские стены были построены настолько, что за ними можно было обороняться, Фемистокл сообщил об этом спартанцам и попросил отпустить его в Афины, ввиду бессмысленности продолжения переговоров. И только после того как дипломат вернулся домой, спартанские заложники были отпущены на свободу. Афиняне благодаря дипломатической ловкости Фемистокла одержали верх, но с этого времени между Афинами и Спартой возникли крайне напряженные отношения.
Фемистокл продолжал укреплять морскую мощь Афин. Он построил и укрепил афинскую морскую гавань Пирей. По его совету союз греческих государств был расширен. Несколько городов-государств вступили в союз, признали главенство Афин и внесли деньги на строительство новых кораблей.
С островными государствами Фемистокл обращался повелительно и гордо. Он требовал от них безоговорочного подчинения Афинам.
Популярность Фемистокла среди афинян начала падать. Народ боялся, что его политика вовлечет Афины в опасную войну со Спартой. Кроме того, характер Фемистокла был небезупречен: у него недоставало чувства меры и справедливости, и часто, вопреки закону, он прибегал к насилию. Симпатии афинян перешли к Аристиду. Спарта видела в Фемистокле своего величайшего врага и не жалела денег, чтобы подорвать его влияние.
В 471 году до Р. X. Фемистокл был изгнан из Афин. Он отправился в Аргос, государство, которое было враждебно Спарте. Фемистокл рассчитывал сблизить Аргос с Афинами и создать сильный антиспартанский союз. Однако спартанцы приняли меры, чтобы обезопасить себя от этого энергичного человека.
Во время войны с персами спартанским войском командовал родственник царя Павсаний — сторонник отмены жестоких спартанских порядков. Павсаний даже вступил в переговоры с персами, надеясь, что те помогут ему совершить переворот в Спарте. За изменнические сношения с персидским царем Павсания казнили. Спартанские правители обвинили Фемистокла, что он вместе с Павсанием вел переговоры с персами. Фемистокл защищался против этого обвинения письменно. Но его враги потребовали, чтобы он явился и предстал перед общеэллинским судом в Спарте. Фемистокл не явился, понимая, что он не уйдет оттуда живым, и был заочно обвинен в государственной измене. Таким образом, и Афины, и Спарта преследовали спасителя Греции как предателя.
Оставаться в Аргосе было небезопасно, и Фемистокл бежит на север, на остров Керкиру, но маленькое государство побоялось предоставить ему убежище. Фемистокл переправился на материк и явился к эпирскому царю Адмету. Схватив на руки маленького сына Адмета, Фемистокл сел с ним у очага эпирского царя, прося о покровительстве. По древнему обычаю, такому просителю нельзя было отказать. Некоторое время Фемистокл жил в Эпире и даже тайно вызвал туда из Афин свою семью. Когда его местопребывание было открыто, Афины потребовали его выдачи. Горными тропами Фемистокл с семьей перешел в Македонию, где сел на корабль, плывший в Азию. Это был со стороны Фемистокла отчаянный шаг, так как за его голову персидский царь назначил огромное вознаграждение — 200 талантов. Великий царь считал, что никто из греков не причинил персам так много вреда, как Фемистокл.
