Руководителям восстания очень скоро стало ясно, что имевшихся у них сил явно недостаточно для успеха предприятия. Восстание и на этот раз не нашло живого отклика у крестьян. А после того, как правительство приступило к проведению аграрной реформы, по которой польские крестьяне безвозмездно становились собственниками всей находившейся в их пользовании земли, поражение восстания было предопределено. Попытки правительств Великобритании, Франции, Австрии и некоторых других европейских держав ссылавшихся на постановления Венского конгресса, заставить Петербург сесть за стол переговоров с мятежниками были им решительно отвергнуты. Подавление восстания было поручено энергичным и решительным генералам. В Царстве Польском – новому наместнику, генералу графу Федору Федоровичу фон Бергу, в Виленском генерал-губернаторстве (оно включало Литву и Белоруссию) – генералу Михаилу Николаевичу Муравьеву Благодаря предпринятому ими комплексу мер, в том числе и репрессивного характера, к началу 1864 года восстание угасло.
Последствия восстания были для поляков плачевными – десятки тысяч погибших, сосланных в Сибирь, эмигрировавших, потерявших свои поместья. В Виленском генерал-губернаторстве, где размах повстанческого движения был меньшим, по приговору военно-полевых судов было казнено 128 его активных участников, за что либеральное общественное мнение России и Польши окрестило М. Н. Муравьева «вешателем».
Польское восстание 1863 – 1864 годов утвердило Петербург во мнении, что всякая попытка управлять краем с помощью либеральных методов неизбежно приводит к восстанию. Этот вывод стал для властей убедительным аргументом в пользу оправданности жесткого курса в отношении своих польских подданных и необходимости перехода к более активной политике государственной интеграции Царства Польского в империю.
Восстание не прошло бесследно и для поляков. Наметившийся уже накануне его раскол на сторонников и противников вооруженной борьбы за независимость стал еще более заметным. Для сторонников постепенного, бескровного движения к независимости трагедия восстания стала дополнительным аргументом в пользу правильности их позиции. В среде польской интеллигенции все большее распространение стала получать позитивистская теория «органического труда», согласно которой сила и авторитет народов определяются их богатством, а не героическими порывами, не приводящими их к каким-либо позитивным результатам. Поэтому поляки должны как можно больше трудиться, накапливать материальные блага, развивать свою культуру, воспитывать в национальном духе низшие слои общества, особенно крестьянство, достаточно равнодушно воспринявшее выступления шляхты в 1830 – 1831 и 1863 – 1864 годах. Польская историография, базирующаяся на прославлении лишь активных форм противостояния политике властей, до сих пор характеризует период господства в обществе теории позитивизма как «социальный маразм».
