Следующее крупное сражение между ними произошло в 333 году при заливе Исса в Сирии на побережье Средиземного моря. Обе армии стояли на разных берегах реки Пинар. На стороне греко-македонского войска был общий численный перевес и преимущество в пехоте. Персы же имели несколько более многочисленную кавалерию, но место сражения для ее действий было выбрано неудачно. Персидские всадники находились за рекой на равнине и могли атаковать неприятельскую фалангу только тогда, когда она уже весьма значительно потеснит персов. Как и при Гранике, слабейшее войско заботилось об обороне, а не о наступлении.
В начале сражения Дарий двинул в бой личную гвардию и оставшиеся у него греческие отряды. Их подкрепляли персидские гоплиты и лучники, а также кавалерия. Александр сам возглавил атаку тяжелой кавалерии на правом фланге против личной гвардии Дария. После ожесточенного боя Дарий с телохранителями покинул поле сражения. В этот момент левый фланг греко-македонского войска теснила персидская конница. Александр бросил против нее фессалийскую кавалерию, которая смогла обратить неприятеля в бегство. После этого персидская пехота оставила поле боя.
В битве при Иссе греко-македонская армия потеряла убитыми 300 пехотинцев и 150 кавалеристов. Раненых было не менее 2 тысяч. Среди них оказался и сам Александр. Потери персидской армии были значительно больше, но точных данных о них нет, равно как нет надежных сведений о ее численности. Приводимые греческими источниками цифры, будто Дарий при Иссе располагал 600 тысячами человек, стоят не больше, чем утверждения Геродота о многомиллионной армии Ксеркса. Хотя подобные легендарные цифры вводили в заблуждение еще каких-нибудь 180 лет назад даже гениев военного искусства, вроде Наполеона Бонапарта. Поверженный французский император, находясь на Святой Елене, утверждал: «Победу одерживают не числом. Александр победил триста тысяч персов во главе двадцати тысяч македонян».
Главное значение битвы при Иссе состояло в том, что после поражения во втором подряд генеральном сражении войско Дария оказалось деморализовано. Основная часть греческих наемников уцелела в бою. Однако потом большинство из них, по разным источникам, от 4 до 8 тысяч человек, покинули Дария и направились в Финикию, откуда на кораблях вернулись в Грецию. Таким образом, персы лишились наиболее боеспособной пехоты. Лишь небольшой отряд греков отступил вместе с Дарием за Евфрат. Если предположить, что первоначально наемников было около 10 тысяч и что около тысячи из них остались с персидским царем до конца, то общие потери служивших персам греков в битвах при Гранике и Иссе можно оценить в одну тысячу убитых и раненых. Потери же персидской части войска, вероятно, были в несколько раз больше.
