Рут состоял в период с 1899 по 1904 год. Он провел ряд структурных реформ, таких например, как: учреждение Генерального Штаба при президенте США, создание Военного колледжа. Он также сумел расширить организационную структуру военной академии Лавкрафт в Вест-Пойнте, ввел усиленный контроль над Национальной гвардией США и изменил порядок продвижения по службе. В последствии, приемник в этой должности Э. Рута, господин Генри Л. Стимсон высказал свое мнение о деятельности своего предшественника, что в истории Америки еще не было таких разумных, конструктивных решений в этой области, имеющих такую жизненную силу.
Наряду с военными реформами Э. Рут провел еще и политические, государственные решения. Он разработал проект документа для Филиппин, который давал возможность местной администрации расширить свои права. Также он подготовил план предоставления формальной независимости Кубы и сумел настоять на отмене пошлин импорта в США пуэрториканских грузов.
Должность министра обороны (государственного секретаря войны) Э. Рут покинул в 1904 году и вернулся к своей частной практике адвоката. Спустя всего год, Рут вновь получает приглашение на официальную должность. На этот раз его приглашает в администрацию новый президент США – Теодор Рузвельт.
В 1905 году Э. Рут становится государственным секретарем Соединенных Штатов Америки, вступив в эту должность после скоропостижной смерти своего предшественника Джона Хэя. Направление в своих политических воззрениях Э. Рут предпринял в отношении Дальнего Востока. Он заключил так называемое «джентльменское соглашение» с Японией, которое регламентировало эмиграцию японцев в США. Во время своей деятельности на посту государственного секретаря Э. Рут провел реформацию консульской службы и подчинил ее Государственному Департаменту. Также Рут смог укрепить международные отношения между США и южноамериканскими государствами, в ходе своего дипломатического турне по Южной и Латинской Америке в 1906 году.
Участие Э. Рута в мирной конференции в Центральной Америке в 1907 году привело к созданию Центральноамериканского арбитражного суда. Его подписи стояли в свыше сорока документах, касающихся международных отношений между разными странами и в частности между Америкой и Канадой, которые решали спорные вопросы относительно Аляски и рыбного промысла в Северной Атлантике.
В 1909 году Рут был избран в Сенат и был активным членом сенатского комитета по юстиции.
