В течение длительного времени гребнистый крокодил является объектом промысла. Особенно ценится его кожа, идущая на изготовление ремней и сумок. Нерегулируемая охота, начавшаяся в 1940-х гг. и продолжавшаяся до 1974 г., когда впервые стали принимать меры по охране вида, вызвала резкое сокращение численности гребнистого крокодила по всему ареалу. Кроме того, во многих частях ареала хищника преследовали, обвиняя в нападении на людей. Суеверный страх перед крокодилами создает проблемы в сохранении представителей рода.
Существует несколько крупных популяций гребнистого крокодила, каждая из которых находится в той или иной степени сохранности. Популяция гребнистых крокодилов, обитающих в море, нестабильна, хотя и не находится под угрозой. С сухопутными популяциями намного сложнее, даже в тех странах, где нет прямого преследования со стороны человека, их численность стремительно снижается. Основной причиной является сокращение привычных местообитаний (вырубка лесов, осушение болот, распашка земли). На Шри-Ланке и в Таиланде этот процесс происходит настолько стремительно, что гребнистого крокодила здесь уже не встретишь, и только в 1999 г. было зарегистрировано две встречи.
В Южном Вьетнаме, где крокодилов истребляли тысячами, популяция в настоящее время ограничена 100 животными.
В Индии существует программа по поддержанию численности гребнистого крокодила. Он разводится на территории крупных национальных парков и на крокодиловых фермах. На этих фермах известны гибриды крокодилов гребнистого и сиамского C. siamensis. В природу уже выпущено 1400 крокодилов, из них осталось в живых 580, что является довольно высоким процентом. Сейчас в водоемах Индии проживает около 1000 крокодилов, популяция не сокращается и считается стабильной.
Мировым лидером в области охраны гребнистых крокодилов считается Австралия. В этой стране уже давно и успешно действует программа по восстановлению численности этих животных. Она включает в себя множество пунктов: открываются национальные парки, крокодилов разводят на фермах. Большое внимание уделяется просветительской деятельности среди населения, проводятся даже ежегодные учеты хищников с привлечением большого количества натуралистов-любителей. Австралия является центром по изучению крокодилов, воспроизводства их в неволи.
Меры по охране крокодилов во многих странах признаны неэффективными, так как несмотря на запрещение добычи практикуется охота на них, мотивированная тем, что крокодилы нападают на людей.
