Самки помогают детенышам выбраться из гнезда и сопровождают их к ближайшему водоему. Молодые крокодилы собираются в большие группы, которые объединяют потомство нескольких самок. Присматривает за группой одна взрослая самка – «нянька», которая самоотверженно защищает детенышей в момент опасности.
С мая по июль в Амазонии наступает сезон дождей, и разливаются реки. В это время группы черных кайманов широко распространяются по всему ареалу. С сентября по декабрь в реках устанавливается обычный уровень воды, затопленные саванны высыхают, и черные кайманы возвращаются в родные водоемы.
Крупная черная кожа кайманов, хорошо поддающаяся обработке, всегда ценилась среди браконьеров. Именно из-за неконтролируемого промысла в 1940–1950-х гг. он практически полностью исчез на территории бассейна Амазонки. В некоторых районах неконтролируемая охота и сбор яиц продолжались до 1970-х гг. и далее. Ухудшению ситуации способствуют интенсивная вырубка леса и осушение болот во Французской Гвиане. Хотя в настоящее время черный кайман и обитает во всех районах своего исторического ареала, его популяции в 4-х из 7 стран резко сократились. Во время «крокодильего бума» было истреблено 99 % всех популяций! Только в Перу, Эквадоре, Бразилии и Гайяне состояние черного каймана можно считать удовлетворительным, но и здесь черные кайманы обитают изолированными популяциями в удаленных районах, труднодоступных для человека.
Начиная с 1990 г. в Боливии начала работать эффективная программа по разведению черных кайманов в искусственных условиях содержания с последующим выпуском взрослых рептилий в природу, где они будут размножаться. Но пока об успехах программы говорить еще рано, так как было выпущено всего 25 взрослых животных. Но все-таки первая попытка по возвращению кайманов на их историческую родину предпринята. В других странах программы по охране вида проводят с большим или меньшим успехом.
Вид внесен в Красную книгу IUCN. Численность популяции оценивается в 25000–50000 особей. Вид широко распространен по всему ареалу и в последнее время благодаря эффективным охранным мерам благополучно восстанавливает численность.
