Одновременно с этим Рыбников получал высшее образование (поступив в университет в 1905 г., он смог официально закончить его вследствие различных причин только в 1917 г.); он собирал всяческие материалы о развитии детей, включая родительские записи и дневники, наблюдения учитедей, диктанты, сочинения и т.д. Обучаясь в университете, он параллельно занимался анализом психологической литературы, теоретических работ и экспериментальных исследований в интересующих его областях психологии.
С 1911 г. рецензии и обзоры Н.А. Рыбникова регулярно публикуются в журнале «Вопросы психологии и философии» и в других специализированных журналах. Так, наиболее удачными его рецензиями принято считать рецензии на книги Г.И. Россолимо и Ф.Е. Рыбакова.
В это время Рыбников начинает читать курс психологии в академическом кружке самообразования при обществе бывших воспитанников императорского Московского коммерческого училища, который состоял из 8 лекций и был посвящен памяти, умственной работе и утомлению, ощущениям, методам экспериментальных исследований в психологии, отношении души к телу — именно этими вопросами общей психологии определяется круг интересов Рыбникова в это время.
Уже в 1912 г. он, следуя своей заинтересованности в педагогической психологии, читает курс лекций под названием «Экспериментальная психология в применении к педагогике».
Собственные научные исследования Рыбников начинает публиковать именно в это время. В 1913 г. в журнале «Для народного учителя» появилась статья, озаглавленная «Идеалы деревенских школьников», где рассказывалось на основе опросов детей 8—14 лет о том, кто из известных людей — близких, общественных деятелей, литературных героев и т.д. — больше других привлекает деревенских школьников.
По результатам опросов в этой статье делается следующий вывод: с возрастом дети начинают более критично относиться к окружающим людям и при выборе своего идеала переходят от близких родственников к общественным деятелям. Также интересно то, что, по наблюдениям Рыбникова, девочки намного чаще, чем мальчики, выбирают в качестве примера для подражания религиозные идеалы и, кроме того, больше тяготеют к материальным благам. Вследствие чего Рыбниковым был сделан следующий педагогический вывод: «Школа должна привести ребенка в общение с великими душами, примером которых мог бы воодушевиться ребенок». В том же году публикуется работа под названием «Детские рисунки, их психологическое и педагогическое значение». Осознав педагогическую ценность детских рисунков, Рыбников организует сбор детских рисунков в деревенских и городских школах.
