В 1884 г. семья переезжает в Рязань, где отец получает работу в мужской гимназии. Туда же поступает учиться и Петр Ганнушкин. Его учеба протекает весьма успешно, однако мальчик избегает участия в различных кружках. Будучи очень общительным, он не любил строгую дисциплину. Примерно с 13 лет будущий психиатр уже начал проявлять интерес к характеру и психике человека. В этом же возрасте он прочитал труд И.М. Сеченова «Рефлексы головного мозга», в котором автор попытался провести взаимосвязь между психическим состоянием человека и его физическими действиями. Возможно, именно эта книга заставила П.Б. Ганнушкина уже тогда задуматься о природе человеческой психики.
Во время учебы П.Б. Ганнушкина в гимназии в Рязанской губернии произошло значительное событие. Земский психиатр Н.Н. Баженов провел реорганизацию психиатрической помощи в своем отделении. Он отказался от смирительных рубашек, ввел систему «открытых дверей» и психиатрический патронаж, а также значительно улучшил условия содержания психически больных в своей клинике. Из ранга сумасшедших он возвысил их до уровня просто больных людей, успешно применял и «трудотерапию». Деятельность этого замечательного человека не могла пройти мимо внимания гимназиста П.Б. Ганнушкина. Эти события несомненно оставили свой след в его формирующемся сознании.
В 1893 г. П.Б. Ганнушкин заканчивает гимназию с золотой медалью и поступает в Московский университет на медицинский факультет. Здесь он с увлечением погружается в изучение медицинских наук. В этом университете в то время читают лекции такие известные ученые, как И.М. Сеченов («отец русской физиологии»), М.П. Черинов (профессор кафедры общей терапии и диагностики), А.Я. Кожевников (внес значительный вклад в развитие отечественной неврологии и психиатрии), а также С.С. Корсаков (его докторская диссертация «Об алкогольном параличе» получила мировую известность).
После 3-го курса П.Б. Ганнушкин окончательно выбрал для себя психиатрию как медицинскую специальность. Он занимается на кафедре нервных болезней под руководством А.Я. Кожевникова, а на 5-м курсе изучает психиатрию у С.С. Корсакова. Во время учебы в университете П.Б. Ганнушкин одновременно работает в клинике для душевнобольных, исполняя обязанности младшего и среднего медицинского персонала. Здесь он имеет возможность воочию ознакомиться с различными врачебными системами.
В 1898 г. П.Б. Ганнушкин заканчивает университет. Ему предлагают занять место штатного ординатора, однако он отказывается. Проработав 4 года, Петр Борисович в 1902 г. занимает должность внештатного ассистента в психиатрической клинике В.П. Сербского. В это время он занимается разработкой материалов амбулаторной клиники и на их основе пишет ряд научных трудов. Особое влияние на П.Б. Ганнушкина оказывает ассистент С.С,. Корсакова С.А. Суханов. Они совместно опубликовали 6 научных работ, в которых провели анализ не смешанных, а однородных форм болезней. Они выделили особую конституцию навязчивых идей и показали, как в некоторых случаях они могут перейти в слабую форму шизофрении. Авторы отметили, что сексуальные отклонения, присущие человеку при навязчивых идеях, являются лишь сопутствующим явлением, а не причиной болезни (в отличие от теории 3. Фрейда).
