13 сентября Бабингтон и шесть его помощников предстали перед специально назначенной судебной комиссией. Через два дня за ними последовали остальные заговорщики. Все подсудимые признали себя виновными, поэтому не было нужды представлять доказательства относительно организации заговора.
Многочасовая казнь первых шестерых заговорщиков приобрела настолько чудовищный характер, что сдали нервы даже у много повидавшей в те годы лондонской толпы Поэтому остальных семерых на другой день повесили и лишь потом четвертовали и проделали все остальные процедуры, уготованные государственным изменникам. Настала очередь и Марии Стюарт.
Хотя «заговор Бабингтона» создал предлог для юридического убийства Марии Стюарт, Елизавета только после долгих колебаний решила предать пленницу суду. Причин для нерешительности у Елизаветы было немало. Прежде всего, приходилось судить супругу покойного французского короля, законную королеву шотландскую. Английская королева отрицала даже правомерность лишения Марии Стюарт шотландского престола. К тому же узница не являлась английской подданной. Она ведь сама добровольно явилась в Англию просить защиты и покровительства у Елизаветы.
Более того, свидетелей обвинения спешно казнили как участников «заговора Бабингтона». Суду были переданы лишь исторгнутые у них под пыткой показания, а письма самой Марии Стюарт – единственное документальное доказательство – были представлены только в копиях. Не было закона, на основании которого можно было судить Марию, поэтому срочно приняли соответствующий парламентский акт Был создан специальный трибунал для разбора намерения и попыток покушения «вышеупомянутой Марии» против английской королевы и для вынесения приговора. 11 октября 1586 года члены суда прибыли в замок Фотерингей, где содержалась Мария Стюарт, и передали ей письмо английской королевы. В нем указывалось, что Мария, отдавшись под покровительство Елизаветы, тем самым стала подвластной законам английского государства и должна на суде дать ответ на предъявленные обвинения.
Судебный трибунал, которому было поручено вынести приговор шотландской королеве, состоял из 48 человек, включая многих высших сановников, многочисленных представителей знати и нетитулованного дворянства. Главным пунктом обвинения было участие в заговоре. Мария Стюарт настаивала, что ничего не знала о заговоре и заговорщиках.
Суду были представлены признания заговорщиков, два их письма к Марии Стюарт и два ответных письма королевы. Особое значение имело второе письмо, посланное после того, как ей стали известны планы заговорщиков.
