Бабингтон юношей служил пажом графа Шрюсбери, который долгое время выполнял роль тюремщика пленной шотландской королевы, содержавшейся тогда в Шеффилдском замке. Позднее, во время заграничного путешествия, Бабингтон познакомился в Париже с католическими эмигрантами, в том числе с Томасом Морганом Бабингтон вернулся в Англию приверженцем Марии Стюарт. Он обосновался в Лондоне и, по обычаю многих представителей дворянской молодежи, поступил в одну из лондонских коллегий адвокатов.
Бабингтон с готовностью согласился участвовать в заговоре, чтобы освободить Марию Стюарт, но вначале отверг мысль об убийстве Елизаветы, так как сомневался, соответствовало ли это учению католической церкви. Джифорду пришлось еще раз съездить во Францию и привезти с собой католического священника Бал-ларда, который должен был рассеять сомнения Бабингтона. Вскоре появился давний знакомец Джифорда авантюрист Джон Сейведж, вызвавшийся убить Елизавету Бабингтон, теперь уже активно включившийся в заговор, разъяснил своим новым друзьям, что для верности нужно, чтобы покушение совершили сразу несколько человек. Остановились на шестерых. Одновременно нашлись люди, готовые участвовать в похищении Марии Стюарт.
12 июля «честный человек» доставил письмо Бабингтона с планами убийства Елизаветы и освобождения Марии Стюарт. Ее секретарь сообщил, что письмо получено и ответ будет послан через три дня. 17 июля Мария Стюарт ответила Бабингтону. Если верить тексту письма, представленного на процессе, она одобряла все планы заговорщиков – и способствование иностранной интервенции, и католическое восстание, и убийство Елизаветы. Хотя последнее – вряд ли.
31 июля 1586 года Джифорд в очередной раз отбыл в Париж. Он оставил у французского посла половину листа бумаги и просил Шатнефа передавать письма шотландской королевы своим сторонникам за границей только в руки человека, который сможет предъявить другую половину того же листа. Эту другую половину Джифорд передал Уолсингему и мог после этого покинуть английские берега.
Уолсингем имел возможность наблюдать за всеми действиями Бабингтона с помощью своего шпиона Бернарда Мауди, который к тому же подстрекал заговорщиков к активности. В июне 1586 года Мауди даже совершил по поручению Уолсингема вместе с Баллардом поездку по Англии с целью определить, на какие силы могут рассчитывать заговорщики в каждом графстве, и представить об этом отчет испанскому послу в Париже дону Мендосе. Разумеется, не меньший интерес представляли эти сведения для английского правительства. Правда, в августе Бабингтон разузнал, что Мауди – шпион Уолсингема, но было уже поздно… Бабингтон и его сообщники были арестованы. Одновременно был произведен обыск у Марии Стюарт, захвачены секретные бумаги, взяты под стражу ее секретари. Мария была переведена в другую тюрьму, где находилась в строжайшем заключении. Разумеется, показания заговорщиков о том, что их подтолкнул к государственной измене Джилберт Джифорд, были тщательно скрыты английской полицией.
