Борман был свидетелем того, как языки пламени пожирали тело Гитлера во внутреннем дворе рейхсканцелярии. В течение нескольких часов он пытался вести переговоры с союзниками, но безуспешно. Затем он исчез из фюрербункера. Дальнейшая судьба Бормана до сих пор окутана покровом тайны. Некоторые очевидцы свидетельствуют, что вечером 30 апреля 1945, когда еще во дворе рейхсканцелярии догорали трупы Гитлера и Евы Браун, Бормана видели среди оставшихся в живых обитателей бункера, которые выбрались наружу, надеясь просочиться, пользуясь темнотой, через боевые порядки русских. Он только что отправил телеграмму адмиралу Карлу Деницу, в которой сообщал о своем предстоящем прибытии, сохраняя, видимо, надежду найти себе место среди членов нового правительства. Некоторые утверждают, что Борман погиб при попытке пересечь расположение передовых отрядов русских. По словам Эриха Кемпки, шофера Гитлера, Борман погиб от разорвавшегося неподалеку снаряда. А по утверждению обергебитсфюрера Артура Аксмана, руководителя гитлеровского союза молодежи, Борман покончил с собой, проглотив капсулу с цианистым калием после того, как стало ясно, что пройти через русские порядки не удастся. При таком расхождении в показаниях свидетелей трудно считать гибель Бормана доказанной.
В 1946 Международный военный трибунал в Нюрнберге судил Бормана заочно и приговорил его к смертной казни (см. Нюрнбергский процесс). С тех пор неоднократно сообщалось о том, что Бормана видели в разных местах земного шара. В 1947 его якобы встречали в Сев. Италии, где в одном из монастырей ему было предоставлено убежище. Некий эсэсовец, сам скрывавшийся в Ломбардии более двух лет, утверждал, что Борман умер в этом монастыре, и даже указал примерное место его захоронения. Проведенное расследование не дало результатов. Некоторые свидетельствовали, что встречали его под видом бизнесмена в Южной Америке — любимом убежище бежавших нацистов. В 1973 писатель Ладислав Фараго утверждал, что Борман живет в Аргентине и что он якобы миллионер. Были свидетельства, что он скончался от рака в Чили… Следы этого человека затерялись, и поэтому в апреле 1973 западногерманский суд официально объявил Бормана мертвым на основании идентификации скелета, вырытого неподалеку от гитлеровского бункера — между мостом Вейденхаммер и станцией Лертер в Берлине. Суд распорядился все иные, якобы имеющиеся, доказательства аннулировать, а сообщения о будто бы имевших место встречах с Борманом в дальнейшем игнорировать. Тем не менее, Симон Везенталь, возглавлявший Венский центр документации (архив), выразил свое несогласие: "Некоторые сомнения относительно того, действительно ли кости, найденные в Берлине, принадлежат Борману, все же остаются".
