Став канцлером, Гитлер назначил Бормана руководителем аппарата своего заместителя Рудольфа Гесса. В октябре 1934 Борман становится рейхсляйтером, кроме этого он являлся депутатом рейхстага от нацистской партии. Будучи крупным специалистом по интригам и политической борьбе, Борман явно метил на очень высокое положение в Третьем рейхе. Он вел финансовые дела Гитлера и был руководителем, а по сути дела хозяином, огромного гитлеровского фонда (см. Адольфа Гитлера, фонд), состоявшего, как можно было догадаться, из налоговых отчислений промышленности. По распоряжению фюрера Борман приобрел в Браунауна-Инне дом, в котором родился Гитлер, дом его родителей в Леондинге, а также целый комплекс частных владений в Оберзальцберге (см. Бергхоф).
Во время 2-й мировой войны Борман стал ближайшим соратником Гитлера. 12 мая 1941, через два дня после того, как Гесс улетел в Англию (см. Гесса, перелет), Гитлер назначил Бормана своим заместителем по НСДАП и руководителем вновь созданной партийной канцелярии. На этом посту Борман не жалел сил для укрепления партии как против вермахта, так и против СС, кроме того, находил еще время приглядывать за нападками на христианство. Обладая поразительной работоспособностью, он написал сотни докладных записок о том, как поступать с евреями, славянами, военнопленными и как вести себя гауляйтерам.
12 апреля 1943 Борман добавил к своим титулам еще один — секретарь фюрера. Товарищи по партии прозвали Бормана "серым кардиналом", "железным канцлером"; недруги называли его "Макиавелли за канцелярским столом". Он действительно был силой в тени гитлеровского трона. За беспристрастной внешностью скрывался классический махинатор, могущественный наблюдатель, работавший тайно и перехитривший всех своих конкурентов, стремившихся завоевать расположение фюрера. Современники описывали его как маленького, приземистого человека в плохо сидящей на нем чиновничьей униформе с портфелем под мышкой, вечно трудившегося ради собственных интересов.
Когда-то бросивший школу перед самым ее окончанием, этот человек обрел почти абсолютную власть в Третьем рейхе. Когда другие предавали, Борман оставался верным фюреру, и тот говорил про него: "Мой самый преданный соратник". Уже изолированный и поверженный фюрер имел контакт с внешним миром лишь через Бормана. Верный паладин подписал политическое завещание фюрера. Он был свидетелем на церемонии бракосочетания Гитлера и Евы Браун. Одним из последних своих указов Гитлер назначил Бормана партийным министром в правительстве.
