В следующем "Письме", носившем название "Автономизм, как основа национальной программы" (Восход, 1901, кн. 12), формулирована центральная идея всего цикла статей. Провозглашая принцип "культурно-национальной автономии", писатель впервые конкретизировал неопределенное требование "национальных прав", выставленное им три года назад. В связи с новой концепцией он подробнее развил свою излюбленную идею диалектической триады. 19-ый век представлялся ему веком борьбы против национально-религиозного тезиса, который в течение ряда столетий обособлял евреев от окружающего мира и подавлял индивидуальную свободу. Возникший в этом веке антитезис был восстанием человека в еврее, протестом против деспотизма коллектива. Этот протест оказался, однако, односторонним: гуманизируя еврея, он денационализировал его. Установление гармонии между гуманизмом и национализмом является задачей двадцатого века. В этом веке еврейству предстоит осознать себя, как культурно-историческую свободно самоуправляющуюся нацию. Единицей самоуправления должна стать национальная община, включающая в свой состав как религиозных евреев, так и неверующих. Такая секуляризованная община является более действенным орудием национального объединения, чем традиционная, автоматически исключающая свободомыслящую интеллигенцию. Союз автономных общин в каждой стране и всемирный еврейский "Союз Союзов" должны стать высшими представительными органами разбросанной по различным странам нации.
Формулируя свою концепцию "автономизма", С. Дубнов не знал еще о недавно появившемся труде австрийского социал-демократа Реннера-Шпрингера, создавшего теорию "персональной автономии" для нетерриториальных наций: "... Я пришел пишет он в "Книге Жизни" - совершенно самостоятельно к тому решению вопроса, которое позже, после мировой войны, было формулировано еще проще: автономия национальных меньшинств. Само собой разумеется, что предпосылкой для всей этой системы (112) должно быть международное признание евреев живою и единой во всем мире национальностью".
Идя дальше по пути конкретизации идеи национальной автономии, писатель посвятил следующую статью проблеме национального воспитания ("Восход", 1902, кн. 1). На примерах из жизни современных западных евреев он показал глубокую душевную раздвоенность людей, по рождению принадлежащих к еврейству, а по воспитанию и культуре - к другому народу. Раздвоение это стало в последнее время особенно мучительным вследствие роста антисемитских настроений во многих странах Европы. Автор "Письма" видит выход из ненормального положения в том, чтобы для молодого поколения "кровная" нация стала культурною, и оно могло воспринимать человеческое через национальное. Он формулирует это так: "Старая школа, хедер и иешива, воспитывала только еврея, новая воспитывает беспочвенного "человека"; новейшая должна формулировать одновременно еврея и человека". Исходя из этого принципа, С. Дубнов предлагал коренным образом преобразовать хедер, введя в его программу общеобразовательные предметы, и одновременно реформировать в национальном духе преподавание в начальных школах. Вопрос о языке преподавания в ту пору в "Письмах" еще не затрагивался; но когда после революции 1905 г. "Письма" вышли отдельным изданием, в главу о национальном воспитании автор внес требование "равноправия для живого народного языка".
