Опираясь на московских стрельцов, многочисленные клевреты Софьи подняли открытый бунт против Нарышкиных, потребовав удаления их из Кремля. Это произошло 15 мая 1682 года. В этот же день стрельцам выдан был брат Натальи Кирилловны Иван, изрубленный мятежниками на части, а его голова была вздета на копье. Вслед за тем стрельцы потребовали пострижения в монастырь отца Натальи Кирилловны и ссылки всего рода Нарышкиных. Был убит и сторонник Нарышкиных князь Михаил Юрьевич Долгоруков, и ближайшие сподвижники Алексея Михайловича Языковы и Лихачевы. Был убит и Артамон Матвеев, незадолго перед тем вернувшийся из ссылки в Москву для подавления мятежа.
Эти убийства и зверства произошли на глазах юного Петра. Он был настолько напуган и потрясен увиденным, что с ним случился первый эпилептический припадок. Впоследствии такие припадки, называемые тогда «падучей болезнью», периодически случались у Петра до конца жизни. На всю жизнь сохранил он и ненависть к бунтовщикам и в дальнейшем не однажды беспощадно карал мятежников.
Получив около трехсот тысяч рублей и имущество побитых ими бояр, стрельцы послали начальника князя Ивана Андреевича Хованского потребовать воцарения и старшего брата – Ивана Алексеевича, объявив его первым царем, а Петра – вторым.
К середине лета правительство Софии из-за своевольства стрельцов потеряло контроль над столицей, и потому 13 июля двор во главе с цесаревной покинул Москву и перебрался в хорошо укрепленный Троице – Сергиев монастырь, расположенный в 75 километрах к северо-востоку от Москвы. Правда, вскоре все они вернулись в Москву, но ненадолго, и в августе снова направились в Троицу.
В то время как Софья маневрировала подобным образом, власть над стрельцами захватил начальник Стрелецкого приказа князь Иван Андреевич Хованский, в майских событиях энергично отстаивавший интересы своих подчиненных. Стрельцы намерены были посадить Хованского на престол, но Хованский проявил нерешительность, чем тут же воспользовалась Софья. Она собрала к Троицкому монастырю дворянское ополчение, вызвала Хованского с сыном Андреем на встречу с боярами – членами Боярской думы, в которую входил и Хованский, – и когда отец и сын приехали, велела схватить и казнить их обоих без суда, обвинив в государственной измене. Заговор был обезглавлен, и стрельцы покорились воле правительницы.
Во всех этих делах главные роли сыграли сторонники Софьи и ее фавориты – один в настоящем, князь Василий Голицын, а второй в будущем – новый начальник московских стрельцов Федор Шакловитый.
