Но ни Мария, ни Бабингтон не знали того, что, несмотря на тщательно разработанные меры предосторожности, их письма сразу же после написания доставлялись прямо Фелиппесу. Гилберт Гиффорд был двойным агентом и работал не только на Бабингтона, но и на Уолсингема. Шифрованные послания Марии читались Фелиппесом почти сразу же после того, как он их получал.
Уолсингем умышленно не препятствовал дальнейшему развитию заговора и прохождению тайной корреспонденции, надеясь на то, что Мария окажется замешанной в государственном преступлении. Его ожидания полностью оправдались. В начале июля Бабингтон в своем письме к Марии упомянул о планируемом вторжении испанцев, ее собственном скором освобождении и «казни соперницы, незаконно захватившей власть». Мария думала над ответом в течение недели. После тщательного составления ответа она поручила секретарю зашифровать его. Письмо было отправлено Бабингтону 17 июня. Оно оказалось роковым, поскольку в нем Мария подтверждала существование заговора и давала советы Бабингтону о способах «его успешного доведения до конца». Как только Фелиппес дешифровал письмо, он сразу же расценил его как смертный приговор Марии.
Но Уолсингем все еще не знал имен шести молодых придворных, которые должны были совершить убийство Елизаветы. Поэтому, когда письмо Марии попало к Бабингтону и тот его расшифровал, в конце письма была приписка, содержавшая просьбу сообщить имена «тех шести джентльменов, которые должны осуществить план». Автором подделки был Фелиппес.
Хитроумная затея Фелиппеса оказалась лишней. По предложению Уолсингема Бабингтону, как бы случайно, показали записку с требованием его ареста. Бабингтон спешно бежал, чтобы спасти себе жизнь. Узнав о его побеге, скрылись и шестеро молодых джентльменов, о которых шла речь. В течение месяца и они, и Бабингтон были пойманы. Суд приговорил их к смертной казни. Перед казнью Бабингтона заставили выдать шифр, которым он пользовался в переписке с Марией.
Этот шифр и письма Марии послужили главным обвинительным материалом на заседаниях суда, который признал Марию виновной в государственной измене. С величавым спокойствием встретила Мария объявление о том, что Елизавета подписала ей смертный приговор. 8 февраля 1587 г. в 8 часов утра она, еще раз проникновенно заявив о своей невиновности и помолившись вслух о благополучии своей Церкви и сына, с гордо поднятой головой взошла на эшафот, встала на колени и мужественно приняла от палача три удара топором. Так окончилась короткая жизнь Марии, королевы Шотландии, насильственную смерть которой ускорил криптоанализ.
