Война прекратила деятельность Миссии. Но уже в 1858-м году в Иерусалим прибывает ей на смену новая Миссия в составе 11-ти человек с Епископом Кириллом (Наумовым) во главе. Ассигнованная для миссии сумма вдвое превышает то, что получала первая миссия (14.650 руб. вместо 7.000 руб.) Преосвященный Кирилл, как и его предшественник, развил успешно всестороннюю деятельность. Добившись уважения турецкой администрации, местного населения и православного духовенства, он смог значительно улучшить положение и условия пребывания в Св. Земле русских паломников. Миссия совершила большую работу по возращению в лоно православной Церкви арабов униатов.
В эту эпоху в Петербурге зародилось Общество, которое станет Императорским Палестинским Православным Обществом. Общество занялось сбором пожертвований на Св. Землю по всей России. В результате деятельности общества с 1858-го по 1864-й г. было собрано свыше миллиона рублей. Получив средства, Миссия приступила к покупкам участков земель, освященных тем или иным событием Священной Истории и к сооружению на этих участках странноприимных домов, богаделен, амбулаторий и др. учреждений.
В 1864-м году Епископ Кирилл был отозван. Около года его заменял иеромонах Леонид (Кавелин); после чего в Святую Землю прибыл из Константинополя, где он был настоятелем посольской церкви, Архимандрит Антонин, роль которого в истории Миссии будет первостепенна.
Продолжая и развивая деятельность своих предшественников, о. архимандрит Антонин выискивал священные места, еще не занятые инославными и скупал их. На купленных участках разводились сады, возводились храмы, учреждались и строились школы. В конечном счете приобретенные участки, (всего 30) представляли собой площадь в 42 гектара. Отметим среди них:
Участок у Дуба Мамврийскаго, вершина горы Елеонской, участок в Аин Карем, где учреждена была женская обитель «Горнее», участок близ гор. Яффа с обширным садом, где посторен был храм, участок в Иерихоне, и др.
Кроме мероприятий хозяйственного характера, о. архимандрит уделял много внимания научно археологическим изысканиям, чем обогатил библейскую науку. Отметим здесь раскопки на русском участке в Иерусалиме, которые обнаружил базилику времен Константина Великого (IV в.), а особенно остатки городских стен и «Судные ворота». (Осужденные на смертную казнь велись из претории на лобное место через «судные ворота», у которых в последний раз читался смертнику приговор. Таким образом Спаситель вне всякого сомнения был проведен через эти ворота и Его пречистые ноги коснулись обнаруженного при раскопках порога). Наконец о. Антонин провел большую работу по изучению библиотек монастырей и составил каталог Синайского монастыря Св. Екатерины.
