При этом само ГОУ уже два месяца было без руководства. Бывший начальник ГОУ генерал-полковник Александр Рукшин был в начале июня уволен за несогласие с планами Анатолия Сердюкова резкого сокращения Генштаба. Нового начальника ГОУ руководству Минобороны за это время найти было недосуг. Исполняющий же обязанности начальника ГОУ первый заместитель Рукшина генерал-лейтенант Валерий Запаренко был вынужден совмещать сразу несколько должностей, что не могло не отразиться на состоянии дел в ГОУ.
Всё это усугубилось тем, что к этому моменту ГОУ и ГОМУ оказались полностью отрезанными от войск. В очищенных под ремонт помещениях не только вся ЗАСовская связь, но даже и обычная, "эровская", были уже отключены, а в новом здании её ещё просто не провели. В итоге в самый драматичный момент цхинвальской драмы Генеральный штаб России потерял управление войсками.
При этом сам переезд никто не отменил, и разворачивать работу пришлось фактически на колесах. В качестве средства связи с войсками использовалось несколько обычных телефонов открытой дальней связи в тех нескольких кабинетах, которые были определены под временное размещение министерских советников. Но больше всего выручали обычные "мобильники", с которых за свои деньги офицеры и генералы вели переговоры с коллегами из СКВО.
Рабочие группы разворачивались в любых мало-мальски пригодных помещениях бывшего штаба Объединённых сил Варшавского Договора: в гримёрках, раздевалках, за сценой, в спортивном зале. Одно из направлений ГОУ вообще оказалось сидящим в оркестровой яме.
Только к исходу вторых суток удалось хоть как-то восстановить управление войсками и развернуть работу. Но эта неразбериха стала причиной больших человеческих потерь и ошибок.
Так, новый начальник Генерального штаба до последнего момента не решался отдать приказ войскам на начало военной операции. После того как грузины начали войну, командование миротворцев, дежурный генерал ЦКП и командующий СКВО неоднократно выходили напрямую на начальника Генерального штаба с докладами о том, что наши миротворцы несут потери, что идёт уничтожение города с мирным населением, что необходимы немедленная помощь и приведение в действие имеющихся на этот случай планов отражения агрессии, но НГШ всё тянул, непрерывно "уточняя" у высшего политического руководства, какими должны быть масштабы применения силы, хотя политическое решение к этому моменту уже было принято.
Именно с этим связана задержка с вводом войск, которая обошлась нашим миротворцам в несколько десятков убитых солдат и офицеров.
