В северной Чехии, где было много владений католических магнатов сторонников императора, крестьяне восставали против своих господ, надеясь на содействие со стороны руководителей национального движения. Однако пражское правительство при помощи своих комиссаров усмиряло подобные выступления, не останавливаясь перед применением вооруженной силы. Когда сюда пришли католические войска, разочарованные крестьяне в большей части остались пассивны.
В ряде мест среди крестьян распространился слух (впоследствии, конечно, не оправдавшийся), что император собирается уничтожить крепостное право. На западе страны тысячи крестьян брались за оружие. Еще в 1619 г. они сотнями истребляли солдат Мансфельда, а в 1620 - жгли дворянские усадьбы и вместе с подошедшими католическими войсками штурмовали города, сражались с отступающими протестантами.
По территории Чехии, Моравии и Силезии носились разбойничьи шайки казаков, вторгавшиеся в течение всего 1620 г. из Польши. Это были "лисовчики", еще недавно опустошавшие под предводительством Александра Лисовского Русское государство. Бесчинства казаков превзошли все, что населению земель чешской короны привелось испытать от солдат. Командированная для борьбы с "лисовчиками" легкая венгерская конница состояла из таких же разбойных элементов - гайдуков. Казаки и гайдуки сделали жизнь в провинции столь невыносимой, что по мелким городам и местечкам приходилось размещать по десятку-два мушкетеров для охраны жителей.
Белогорское поражение отняло последние остатки мужества у чешских повстанцев. Король Фридрих, Ангальт, Турн и ряд других руководителей бежали за границу, большинство предпочло сдаться на милость победителя.
Фердинанд II, как настоящий религиозный фанатик, отдающий во всем предпочтение делам веры, решил, было, на первых же порах сделать переход в католичество условием помилования участников восстания. Это намерение вызвало замешательство и возмущение в его окружении. Императору разъяснили, что в первую очередь необходимы не обращения в католическую веру, а казни и конфискации, которым следует подвергнуть и католиков, участвовавших в восстании.
Репрессии превзошли все ожидания чехов. Накопившаяся ненависть, жажда мести и фанатизм сыграли свою роль. Холодный расчет требовал того же: непосильное для казны бремя военных долгов можно было облегчить только за счет мятежных чехов.
Специально назначенному суду было предписано привлечь к ответственности всех, кто "во время минувшего мятежа занимал какие-либо военные, гражданские, придворные или административные должности, выполнял какие-либо поручения, приносил присягу конфедерации или подписал ее, присутствовал на собраниях мятежников и одобрял их решения, произносил оскорбительные или уничижительные речи об императоре и династии Габсбургов и участвовал в восстании каким-либо другим способом". Разумеется, среди чешских дворян нашлось не много таких, кто не скомпрометировал себя ни одним из перечисленных проступков.
