«Подготовку» собора Юстиниан понимал по-своему. В Африке, например, где сопротивление эдикту было особенно сильным, по приказу Императора были арестованы главные епископы, включая Карфагенского архиепископа, и заменены другими. И все же исход Собора представлялся неясным. Император решил видоизменить первоначальный план. Вместо того, чтобы рассматривать все дело заново, как он обещал Вигилию, гораздо проще было потребовать от собранных епископов подписи под уже готовым документом. Был издан новый эдикт, с подробной богословской аргументацией и разослан по всем церквам. Александрийского патриарха, отказавшегося принять его, немедленно сослали и заменили новым.
Вигилий отказался признать этот эдикт, нарушавший данное ему Императором слово. Юстиниан начинал сердиться и, чувствуя опасность, Вигилий вместе с Датием Миланским решили искать защиты в неприкосновенном убежище — в храме Св. Петра во дворце Гормизды. Тут разыгралась безобразная сцена. По приказу Императора в храм ворвалась полиция, чтобы арестовать папу. Он сопротивлялся с такой энергией, что колонны над алтарем рухнули и чуть не раздавили его. Собравшаяся толпа начинала бурно выражать свое негодование и полиции пришлось уйти ни с чем. Снова начались угрозы, клевета, мелкие, но ежечасные оскорбления и унижения. Дворец Плакиды превратился постепенно в тюрьму. Так прошло несколько лет, в течение которых вокруг папы быстро образовывалась пустота. Датий Миланский умер, кружок западных клириков таял. И все же папа как будто добивался своего: отказа Императора от эдиктов, свободного решения вопроса. После бесконечных перипетий собор открылся, наконец, в Константинополе 5 мая 553 года. Он начался с торжественного осуждения оригенизма, все еще продолжавшего волновать Палестину. Папа же сообщил, что, не присутствуя на соборе лично, он пришлет свое мнение по вопросу о «Трех Главах» письменно. Этот длинный, подробно мотивированный документ открывается безоговорочным осуждением богословия Феодора Мопсуэтского. Что касается его самого, папа ссылается на древнюю практику Церкви — не судить умерших в мире с нею, предоставляя это суду Христову. Осудить же Феодорита и Иву, защищенных Халкидонскам Собором, папа отказывался.
Но этот документ не дошел до епископов. Юстиниан, вместо этого, предоставил собору письменное осуждение Вигилием «Трех Глав», которое тот вручил Императору в самом начале спора. Уличенный в противоречии, папа был исключен из «диптихов», то есть его имя изъято из поминовения на Литургии. 2 июня собор закончил осуждение «Трех Глав», подписав четырнадцать анафематизмов. Как мы уже говорили, по существу никто не защищал документов, о которых шла речь, поэтому Восточная Церковь безболезненно, как нечто самоочевидное, приняла и постановление Вселенского Собора.
