Но осуждение Оригена, парадоксальным образом, оказалось причиной уже гораздо более важных событий. Феодор Аскида, хотя и подписавший эдикт против Оригена, не прощал Пелагию его вмешательства в эти споры, приведшие к осуждению его любимого учителя. Он внушил Юстиниану идею осудить, вслед за Оригеном, трех главных антиохийских богословов, так или иначе связанных с Несторианством: Феодора Мопсуэтского, Феодорита Кирского и Иву Эдесского. Острота вопроса была в том, что все эти три учителя были оправданы Халкидонским Собором от обвинений александрийцев и умерли в мире с Церковью. Халкидонский же собор — с богословской точки зрения — был победой папы Льва Великого, а, в его лице, всего Запада. Обрушиваясь на «три главы» (как скоро стали называть трех осужденных учителей, смешав их самих с тремя «главами» императорского эдикта против них), Феодор, тем самым, оскорблял Запад; нам не совсем ясны замыслы этого темного интригана: хотел ли он разрыва с Римом, чтобы добиться «реванша» оригенизма, искал ли усиления собственного положения? Так или иначе, но в том самом придворном богословском кружке, в котором приготовлен был эдикт против Оригена, около 544 г. был составлен новый документ, снова в форме императорского эдикта, торжественно осуждавший Феодора Мопсуэтского и те произведения Феодорита Кирского и Ивы Эдесского, в которых они полемизировали с Кириллом Александрийским. Императору эта идея нравилась, так как в момент усилившейся административной борьбы с монофизитами эдикт мог послужить для них лишним доказательством отвержения Нестория православными, мог бы привести их к Православию.
Но если осуждение Оригена не вызвало никакого сопротивления, эдикт 544 г. поднял целую бурю. Папский представитель Стефан, сменивший Пелагия, наотрез отказался подписать его. Четыре восточных патриарха подписали только под угрозой низложения и ссылки, и то с оговоркой: если римский папа не подпишет, то и они свои подписи возьмут обратно. Но император решил добиться своего. Он знал, что Запад, предоставленный сам себе, не пойдет на осуждение тех, кого признал и оправдал Халкидонский Собор; и вот папа Вигилий был схвачен во время богослужения и посажен на корабль. В Сицилии он встретился с Миланским Архиепископом Диатием и с представителями Африканских Церквей: все были настроены крайне отрицательно по отношению к эдикту, видя в нем открытое попрание Халкидона. Только в 547 г. добрался он до Константинополя, где был встречен с подобающей торжественностью. Император отвел ему дворец Плакиды. Теперь началась длинная трагедия, обойти которую молчанием невозможно, даже если в ней, в конечном итоге, и раскрылся положительный смысл. Вигилий занял сначала резкую позицию и отказал в общении патриарху и всем, подписавшим эдикт против «Трех Глав». Тогда Юстиниан начал его богословскую обработку. Надо сказать, что аргументы византийских богословов были, по существу, правильными. Феодор Мопсуэтский — мы уже говорили — был несомненным отцом «несторианства», в большей мере, чем его ученик Несторий. С другой стороны, если Церковь признала Православие Кирилла — крайне резкие и явно несправедливые выпады против него Феодорита и Ивы несомненно подпадали под осуждение. Папа ссылался на оправдание их Халкидонским Собором, но Халкидонский Собор — отвечали ему — оправдал их на основании отвержения ими Нестория и не входил в обсуждение их богословских писаний. В конце концов, папа сдался и присоединился к осуждению «Трех Глав». Но теперь буря поднялась на Западе, где в папе Вигилии увидели отступника и предателя Халкидона. Известный африканский богослов Факунд Гермианский выпустил книгу «В защиту Трех Глав», которая произвела сенсацию. Собор за собором высказывался против осуждения, а в Африке дошли до того, что торжественно предали церковному отлучению самого папу. Юстиниан понял, что подпись папы в данном случае ничего не решала. Испуганный Вигилий умолял его пересмотреть все дело и для этого собрать Вселенский Собор. И император, взяв с папы письменное обещание, что он будет за осуждение «Трех Глав», приказал готовиться к Собору. Всё совершенное доселе было официально аннулировано.
