20 мая 1686 года, в день памяти Обретения мощей святителя, новый храм во имя Алексея Митрополита был освящен. Но этому событию накануне предшествовало великое торжество перенесения святых останков, примечательное к тому же по той роли, которую определила себе на нем правительница.
По описанию современников, 19 мая в старом храме Чуда Михаила, где хранились мощи, была совершена малая вечеря в присутствии обоих царей – Петра и Иоанна Алексеевичей, царевны Софьи и самого патриарха, который «шел в карете в передние монастырские ворота». Затем последовал молебен. «Святые мощи были поставлены посреди церкви и потом подняты на головы самим патриархом и царями, один по правую сторону, другой по левую и позади архиерей; и понесли из церкви в южные двери, вынесли на паперть, откуда в преднесении хоругвей, крестов и икон, со звоном вовся на Иване Великом и в монастыре, архиерей, архимандриты, игумены, протопопы понесли святыню в новый храм. Патриарх шел позади святыни, а за ним цари и царевна. Несли на главную южную лестницу мимо алтарей новой церкви и взошли на большой рундук, принесли в церковь и поставили на уготованное место сам патриарх со властьми. После молебна цари и царевна отбыли в свой царский дом, а за ними и патриарх в свой архиерейский дом».
Но на следующий день – на освящение церкви прибыл один царь Иоанн Алексеевич. Все эти богослужения совершал архимандрит Адриан, хотя еще в марте он был посвящен в митрополиты Казанские. Патриарх Иоаким разрешил подобное отступление от правил, отмечая исключительное участие Адриана в строительстве.
Впрочем, проект царя Федора Алексеевича еще не был полностью осуществлен. Не удалось закончить отделку другого храма, построенного рядом с Алексеевским, – его патриарх Иоаким освятил 28 ноября, в один день со вторым храмом во имя Апостола Андрея Первозванного, с западной стороны Алексеевской церкви.
Создание Алексеевской церкви было особенно знаменательным для царствующего дома и для Московского государства. Есть основания считать, что связано оно с «замирением» стрельцов после событий 1682 года. Использованные для воцарения Иоанна Алексеевича, то есть дома Милославских, а вместе с братом и царевны Софьи, стрельцы под именем «надворной пехоты» превратились в неуправляемую и слишком опасную для правительства силу. На руках у них осталось оружие, с которым они не расставались и на улицах Москвы. Стрельцы сами проводили свои сборы, с Пушечного двора развезли по полкам все пушки, из казны разобрали по рукам порох. Какие-то орудия ввезли в Кремль. По всему городу расставили свои караулы.
