У этой маленькой церковки Иоанна Лествичника оказалась совершенно особая судьба. Она в царствование первых Романовых вошла в число бедных церквей, которым периодически давалась царская милостыня. Так случилось и в 1649 году, когда случайно разбился один из «верховых» нищих, которых привечал и содержал при дворце царь Алексей Михайлович. В церковь, связанную с дочерью Грозного, были переданы деньги «на панихиды и обедни».
Во многом стараясь подражать Ивану Грозному, Борис Годунов, в свою очередь, заказывает новую, еще более дорогую и пышную раку для мощей святителя Алексея, якобы задуманную еще царем Федором Иоанновичем. «Рака, скованная из серебра, была украшена златом и многоценными бисерами и каменьем драгим; в верху ее образ Святого изображен, и так великолепно была устроена, что не можно было и достойно описать ее». При Борисе и состоялось переложение мощей.
Очередной великий пожар начался 3 мая 1626 года в Китай-городе и от верха Василия Блаженного перешел сначала на Вознесенский, а там и на Чудов монастырь. На этот раз сгорела соборная Алексеевская церковь, иначе называвшаяся «Чудо Михаила Архангела».
Но и новая царская династия – Романовых в отношении Чудова монастыря следовала традиции Рюриковичей. В Алексеевской церкви крестит своих сыновей, Иоанна и Федора, Иван Грозный и своего единственного ребенка – царевну Федосью царь Федор Иоаннович. Михаил Федорович Романов крестит в Чудовом всех своих детей, а царь Алексей Михайлович – своего погибшего в младенчестве царевича Дмитрия, позднее – будущего Петра I и его сестру царевну Наталью Алексеевну. В ХIX веке к этому обычаю вернется император Николай I для единственного своего ребенка – будущего царя-освободителя Александра II.
Чудовская обитель становится предметом постоянных забот юного Федора Алексеевича. Сначала, в 1677 году, он передает монастырю обширный двор покойного воспитателя царя боярина Бориса Ивановича Морозова – пространство, которое позднее было занято Малым кремлевским дворцом, – не скупится на постоянные взносы, но главное – сам выступает здесь в качестве архитектора.
Созданный Федором Алексеевичем план перестройки Алексеевской церкви, прилегающих к ней трапезной, палат и монастырских служб под ними начал осуществляться в 1680 году, при архимандрите Андриане, последнем патриархе Московском. Ранняя смерть царя – Федора Алексеевича не стало через два года – никак не сказалась на строительстве. Пришедшая к управлению государством царевна Софья Алексеевна берет все расходы на себя.
