Против предоставления Украинской церкви автокефального статуса высказывались некоторые правящие архиереи украинских епархий. Поворотным моментом в полемике явилось предложение епископа Магаданского Аркадия (Афонина) рассмотреть вопрос о смене главы Украинской церкви, “так как владыка Филарет не соответствует требованиям, предъявляемым к личности, способной объединить вокруг себя всех православных клириков и мирян на Украине”. Предложение епископа Магаданского было поддержано митрополитом Винницким Агафангелом, епископом Уральским Антонием (Москаленко) и некоторыми другими архиереями. В связи с замечанием митрополита Филарета, что он подчиняется только Собору украинских епископов, архиепископ Солнечногорский Сергий (Фомин) вполне резонно возразил: “Украинская православная церковь пока не автокефальная, у нее нет своих закрытых внутренних вопросов, которые не были бы доступны компетенции Архиерейского собора Русской православной церкви”.
Подводя итог состоявшейся дискуссии, председатель Архиерейского собора Святейший Патриарх Московский и всея Руси Алексий II сказал: “Нас уверяют, что предоставление автокефалии Украинской православной церкви решит все вопросы, как ранее нас уверяли в необходимости независимости в управлении и даровании митрополиту Филарету титула Блаженнейшего. Но титул Блаженнейшего не спас положения, предоставление независимости и “незалежности” тоже не дало результата. Не вернулись ушедшие в неканоническую автокефалию приходы, раскол укрепился. Возьмем ли мы на себя ответственность за разделение, есть ли у нас уверенность в том, что это принесет благо святой Церкви?.. Для того чтобы говорить об автокефалии, нужна спокойная обстановка. Но в наше время, время разрушения экономических, национальных, человеческих связей, разделения и противостояния, от которых так устал народ, желание сохранить единство Церкви является гласом Божиим. Все мы в ответе за то, что происходит на Украине, но с предстоятеля Украинской церкви спрос особый. Мы просим владыку Филарета ради блага православия на Украине, ради нашего единства, во имя спасения Церкви на Украине уйти со своего поста и предоставить епископам Украины возможность выбрать нового предстоятеля”.
Митрополит Филарет выступил с заявлением, которое не могло быть понято иначе, как изъявление готовности оставить пост главы Украинской церкви и подчиниться воле Архиерейского собора, голосу большинства священнослужителей и мирян Украины: “Я чувствую, что нужен пророк Иона, и я готов им быть. Но я прошу, чтобы этого Иону бросили так, чтобы на Украине не взбунтовалось море, поэтому прошу предоставить возможность украинскому епископату провести выборы нового предстоятеля Украинской православной церкви в Киеве. Я даю архипастырское слово, что такой Собор будет проведен, что никакого давления оказываться не будет. Патриарх Алексий своим указом утвердит нового предстоятеля. Украинская православная церковь должна полностью осуществить свои права, данные ей Архиерейским собором 1990 года. Также я прошу дать мне возможность продолжать служение у престола Божия и не отправлять меня на покой”.
