После провала ГКЧП, следуя националистическим веяниям, митрополит Филарет из непримиримого противника украинской церковной автокефалии становится ее ревнителем, тем более что исход выборов Патриарха на Поместном соборе 1990 г. он счел своим провалом. Немаловажное значение имели и публикации в периодических изданиях Киева и Москвы статей о его личной жизни; авторы утверждали, что митрополит Филарет имеет жену и детей, обкрадывает Церковь и связан с КГБ. Священнослужители Украинской церкви обвиняли его в том, что он ответствен за успех униатов в Галиции и за раскол, учиненный бывшим епископом Житомирским, ушедшим в автокефалию во многом, надо полагать, из-за личной неприязни к митрополиту Филарету.
Под давлением митрополита Филарета в начале ноября 1991 года Собор Украинской православной церкви вынес постановление “обратиться к святейшему Патриарху Московскому и всея Руси Алексию II и епископату Русской православной церкви с просьбой даровать Украинской православной церкви полную каноническую самостоятельность”.
Решение Собора Украинской церкви встревожило значительную часть священнослужителей и мирян на Украине, и в Московскую Патриархию из разных епархий стали поступать телеграммы с просьбой оставить их приходы в московской юрисдикции. Более 60 приходов Винницкой епархии прислали даже протоколы своих собраний с подписями от сотни до нескольких тысяч человек под каждым протоколом.
31 марта 1992 года в Свято-Даниловом монастыре открылся Архиерейский собор Русской православной церкви, заседания которого продолжались до 5 апреля. С 1 по 4 апреля Архиерейский собор обсудил ходатайство украинских архиереев о предоставлении Украинской церкви автокефального статуса.
После доклада митрополита Филарета началась дискуссия, в которой участвовало большинство архиереев. На обсуждение вопроса о статусе Украинской церкви не могли не повлиять многочисленные делегации верующих из разных епархий Украины, протестовавших против автокефалии; на территории Свято-Данилова монастыря стояли пикеты с плакатами: “Призываем участников Собора отстаивать единство Церкви”, “Автокефалия — путь к унии”, “Украине нужно чистое православие”, “Владыко Филарет! Ради блага Церкви уйдите, наконец, за штат!” и даже “Отступнику Филарету — анафема”.
Значительное большинство архиереев, выступая на Соборе, говорили о несвоевременности автокефализации Украинской церкви, главным образом из-за того, что при полной самостоятельности Православная церковь на Украине окажется один на один перед лицом униатской агрессии, а раскольники все равно не прекратят своей разрушительной деятельности. Некоторые из выступавших напоминали, что все прошлые попытки автокефализации Украинской церкви приносили церкви беду.
