К дальнейшей судьбе автокефалистского раскола косвенно имело отношение и избрание нового Патриарха Московского и всея Руси. После кончины Патриарха Пимена местоблюстителем Патриаршего престола 3 мая 1990 года стал в ходе голосования митрополит Киевский и Галицкий Филарет, Патриарший экзарх Украины. Митрополит Киевский считался вторым по значению после Патриарха архиереем Русской православной церкви и самым влиятельным из постоянных членов Священного синода. По традиции полагали, что местоблюститель является наиболее вероятным кандидатом в будущие патриархи.
Однако в прессе все чаще и настойчивее стала появляться информация о далеко не безупречном нравственном облике митрополита Филарета. Не нравился многим, особенно украинскому духовенству, стиль управления митрополита, властный и грубый, присущий скорее недалекому начальнику, нежели архиерею. Многие уклонившиеся в раскол также свидетельствовали, что единственным мотивом их действий было желание уйти из той удушающей атмосферы, которую насадил в Украинской церкви Филарет.
В то же время было заметно стремление Филарета стать Патриархом Московским и всея Руси. На Поместном Соборе 1990 года экзарх Украины фигурировал в избирательных бюллетенях на первом месте. За него при выборах Патриарха было подано 66 голосов. Однако новым предстоятелем Русской православной церкви стал не Филарет, а митрополит Алексий. Можно предположить, что это обстоятельство также отразилось на дальнейшей деятельности митрополита Филарета.
Огромное значение в жизни Украинской православной церкви имел визит святейшего Патриарха Московского и всея Руси Алексия II на Украину 27 июля — 6 августа 1990 года. Тем самым была оказана весьма значительная моральная поддержка православному населению Украины, подвергшемуся в это время агрессии со стороны униатов и автокефалистов. Приезд первосвятителя, посетившего Украину вскоре после своей интронизации, свидетельствовал о том, что преодоление религиозного конфликта на Украине являлось одной из важнейших задач, стоявших перед Московским Патриархатом. Обращаясь к молящимся после богослужения в Киевском кафедральном соборе во имя святого равноапостольного князя Владимира, проходившего в день памяти Крестителя Руси, Патриарх Алексий сказал: “Нас не может не тревожить распространение так называемой автокефалии, а по сути раскола в Церкви. Мое посещение Украины является свидетельством того, что мы едины с епископатом, клиром и верующими Украинской православной церкви в радостях и скорбях”.
