3 мая 1990 года скончался Святейший Патриарх Московский и всея Руси Пимен (Извеков). Первосвятитель почил на 80-м году жизни. Вероятно, автокефалисты опасались того, что новый предстоятель Русской церкви окажется молодым и энергичным и сможет успешно противостоять распространению раскола. Поэтому они решают действовать незамедлительно, пока Московский Патриарший престол остается вдовствующим.
В июне 1990 года раскольники собираются в Киеве на так называемый “Всеукраинский собор УАПЦ”. На “соборе” амбиции раскольников разгулялись до такой степени, что решено было не только провозгласить автокефалию, но и избрать “патриарха Киевского”. Им стал престарелый Мстислав Скрипник, глава американских автокефалистов, которого к тому времени раскольники сделали знаменем своего движения. Иоанн (Боднарчук) стал “местоблюстителем Патриаршего престола”. Патриарх был избран заочно, так как Мстислав Скрипник оставался в США.
О том, что власти Советской Украины отнюдь не препятствовали деятельности раскольников, свидетельствует тот факт, что участникам раскольничьего “собора” впервые была предоставлена возможность совершить кощунственное “богослужение” в святыне Русской православной церкви — в храме Святой Софии в Киеве, который до сих пор остается музеем-заповедником.
Среди причин, побудивших Русскую православную церковь безотлагательно приступить к выборам нового предстоятеля еще до истечения сорока дней с момента кончины Патриарха Пимена, была возникшая церковная смута на Украине.
Поместный Собор, проходивший в Троице-Сергиевой лавре 7-8 июня 1990 г. и избравший новым предстоятелем Русской православной церкви митрополита Ленинградского и Новгородского Алексия (Ридигера), в своих определениях коснулся и чрезвычайно осложнившейся религиозной ситуации на Украине. Собор отметил, что униатская проблема до крайности обострила взаимоотношения Русской православной церкви и Ватикана, подорвала надежду на успешное продолжение православно-католического диалога.
Собор также осудил действия украинских раскольников-автокефалистов, нарушивших церковный мир в Западной Украине. Собор отмечал, что “справедливое стремление к самоуправлению Православной церкви на Украине, вместо того чтобы осуществляться в рамках церковных канонов с сохранением церковного единства, пошло по ложному пути разделения, со всеми вытекающими из этого пагубными последствиями”. Поместный Собор подчеркнул, что Украинская православная церковь, обладая широкой самостоятельностью, сохраняет законную каноническую связь как с Московским Патриархатом, так и со всеми другими поместными православными церквами.
