После окончания расследования Следственная комиссия передала дело о мятеже в Верховный ревтрибунал при ВЦИК. Оно рассматривалось 27 ноября 1918 года на открытом судебном заседании. Трибунал объявил Попова вне закона, а лидеров партии левых эсеров, а также Я. Блюмкина и Н. Андреева приговорил к тюремному заключению на три года (всех их судили заочно). М. А. Спиридонова и Ю. В. Саблин, члены ЦК ПЛСР, ввиду их прежних заслуг перед революцией, были осуждены на один год заключения в тюрьму и через день освобождены по амнистии.
Поднявшись на борьбу против пролетарской диктатуры, левые эсеры обрекли себя на политическую смерть. Они потеряли влияние на те слои населения, которые шли за ними, веря их революционной фразе. Партию левых эсеров потряс кризис, она раскололась на ряд фракционных групп. Многие ее члены осудили авантюру своего ЦК и вышли из состава партии.
Судьба организаторов и участников левоэсеровского мятежа сложилась по-разному. Попов бежал на Украину, вступил в банду Махно. В ноябре 1920 года во время разоружения анархистов был арестован и затем расстрелян. Блюмкин ушел в подполье, затем также перебрался на Волгу, оттуда – на оккупированную немцами Украину, где участвовал в подготовке террористического акта против гетмана П. П. Скоропадского. После аннулирования Брестского договора в апреле 1919 года явился с повинной в Киевскую ЧК. Вскоре он был помилован Президиумом ВЦИК. После этого он служил в военном ведомстве, затем – в ОГПУ. В 1929 году Блюмкин, находясь в Турции, установил связь с Троцким. В начале ноября того же года по постановлению судебной коллегии ОГПУ он был расстрелян. Другой участник террористического акта – Н. Андреев бежал от возмездия на Украину, где умер от сыпного тифа.
М. А. Спиридонова после освобождения продолжала вести активную борьбу против большевистской партии, несколько раз подвергалась аресту. Впоследствии отошла от политической деятельности. В 1941 году была репрессирована.
А. Л. Колегаев порвал с партией левых эсеров и в 1918 году вступил в РКП (б). В годы гражданской войны был военкомом 13-и стрелковой дивизии, а затем членом Реввоенсовета и председателем Особой продовольственной комиссии Южного фронта. После войны – на хозяйственной работе.
Ю. В. Саблин тоже вышел из партии левых эсеров и в 1919 году стал членом Коммунистической партии. Занимал ряд командных должностей в Красной Армии. Участвовал в подавлении кронштадтского мятежа. Награжден двумя орденами Красного Знамени. Во второй половине 30-х годов и Колегаев, и Саблин стали жертвами репрессий.
