Следует заметить, что в подавлении левоэсеровской авантюры принимали участие и бойцы ВЧК – отряд балтийских моряков под командованием А. Я. Полякова, насчитывавший более 100 человек, и отряд самокатчиков. Они разоружили выставленную Поповым охрану в зданиях ВЧК, взяв их под свой контроль. 7 июля воины-чекисты вместе с солдатами Красной Армии освободили от левых эсеров типографию в Ваганьковском (ныне Малый Трехгорный) переулке, почтамт и телеграф, разоружили на станции Химки левоэсеровский отряд матросов, прибывший из Петрограда в Москву на помощь Попову.
Для расследования левоэсеровского восстания Совнарком образовал Особую следственную комиссию во главе с наркомом юстиции П. И. Стучкой.
Во время следствия сотрудники германского посольства, дававшие показания как свидетели, сообщили, что они ставили ВЧК в известность о существовании в Москве организации, готовившей покушение на посла, и передали Дзержинскому список адресов, где собирались заговорщики, и тексты антигерманских воззваний. Это сообщение послужило позже основанием для намеков о причастности Феликса Эдмундовича к убийству графа Мирбаха. Ф. Э. Дзержинский в своих показаниях Следственной комиссии сказал, что сигналы о готовящемся террористическом акте действительно поступали. Чекисты произвели обыски по адресам, указанным посольством, но они никаких результатов не дали. Не было отмечено и фактов распространения антигерманских воззваний. Сведения относительно заговора, полученные от немецких осведомителей во время беседы с ними в помещении посольства, были неопределенными, путанными. Складывалось впечатление, что кто-то шантажирует германских дипломатов. Кроме того, сотрудники посольства не вполне доверяли руководителям ВЧК, не сообщали всех известных им фактов. Дзержинский не сомневался в существовании заговора, но полагал, что его участников следует искать среди монархистов, савинковцев, а также англо-французских агентов. «Недоверие ко мне со стороны дающих мне материал, – говорил он, – связывало мне руки» (т. 1, с. 254).
Драматизм положения заключался в том, что Дзержинский, впрочем, как и другие большевики, в то время даже и предположить не мог возможность покушения на Мирбаха со стороны левых эсеров – союзников по совместной советской работе.
Говоря о событиях, связанных с мятежом левых эсеров, нельзя не упомянуть о таком факте: после освобождения из рук мятежников Ф. Э. Дзержинский, человек предельно щепетильный в соблюдении правовых норм, подал в Совнарком заявление с просьбой освободить его, как одного из главных свидетелей по делу об убийстве Мирбаха, от обязанностей председателя ВЧК и вообще от работы в комиссии. Совнарком с пониманием отнесся к просьбе Дзержинского и удовлетворил ее. Временно председателем ВЧК был назначен Я. X. Петерс. Дзержинского же оставили членом коллегии ВЧК. Однако доверие партии и Советского правительства к Феликсу Эдмундовичу было столь велико, что 22 августа, еще до окончания следствия, Совнарком снова назначил его председателем Чрезвычайной комиссии.
